如何转置 big.matrix 对象？

Posted 2023-04-18

【中文标题】如何转置 big.matrix 对象？

【英文标题】：How to take transpose of a big.matrix object?

【发布时间】：2018-03-02 17:49:56

【问题描述】：

如何对 big.matrix 对象进行转置？

我有一个 8000 x 8000 big.matrix 对象，我需要执行转置和乘法运算。怎么做？

b <- as.big.matrix(basis)

bTransb <- t(b) %*% b

这给了我以下错误

Error in t.default(b) : argument is not a matrix

我已经导入了 bigalgebra 库。还是行不通。

【问题讨论】：

library(bigpca) 似乎表明它包含functions for transposing, using multicore 'apply' functionality, data importing and for compact display of big.matrix objects.

【参考方案1】：

我不确定是否使用 bigmemory，但您可以使用 bigstatsr（免责声明：我是作者），它使用类似的格式。

# Sample data
a <- matrix(0, 8000, 8000); a[] <- rnorm(length(a))
# devtools::install_github("privefl/bigstatsr")
library(bigstatsr)
b <- as_FBM(a)
class(b)
btrans <- big_crossprodSelf(b)
dim(btrans)
class(btrans)
# Verification
all.equal(btrans[], crossprod(b[]))

【讨论】：

我无法安装 devtools::install_github 方式。有没有其他方法可以安装？

这是为什么呢？您可以在本地克隆 repo，然后在 RStudio 中使用 Ctrl/Cmd + Shift + B 自行构建。

被 IT 部门阻止了，我想。当我尝试安装时，它显示Installation failed: Could not resolve host: raw.githubusercontent.com。

我使用线性代数技术完全缓解了这个问题。所以，不。没有安装。

@xkcvk2511 请注意，bigstatsr 现在也在 CRAN 上。