从 Python 开始 - 字符串列表的汉明距离
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【中文标题】从 Python 开始 - 字符串列表的汉明距离【英文标题】:Starting with Python - Hamming distance of a list of strings 【发布时间】:2021-03-27 01:51:12 【问题描述】:我是 Python 新手,我正在尝试获取一对 DNA 序列之间的汉明距离。虽然我能够做到这一点,但我真的不知道如何获得超过一对 DNA 序列的汉明距离列表。我想知道是否有人可以指导我。
dna1 = 'ACCTAT'
dna2 = 'CATTGA'
def distance(strand_a, strand_b):
if len(strand_a) == len(strand_b):
i = 0
n = 0
while i < len(strand_a):
if strand_a[i] != strand_b[i]:
i += 1
n += 1
else:
i += 1
return(n)
else:
raise ValueError("The strings are not the same length")
输出:
The distance is: 5
我想知道是否有人可以帮助我知道获得三对 DNA 序列之间汉明距离列表的最佳方法(我自己尝试通过更改上面的代码来做到这一点,但我没有能够找到解决方案)。
鉴于这两个列表,我想得到第一对、第二对和第三对 DNA 序列之间的汉明距离:
dna1 = ['ACTGG','ATGCA','AACTG']
dna2 = ['ACTGA','ATGGG','ATGAC']
输出的位置:
distances = [1, 2, 4]
感谢大家的帮助!
【问题讨论】:
要同时遍历两个列表,请使用zip
。这应该让你开始!
【参考方案1】:
你可以试试:
import numpy as np
dna1 = ['ACTGG','ATGCA','AACTG']
dna2 = ['ACTGA','ATGGG','ATGAC']
[(np.array(list(x)) != np.array(list(y))).sum() for x, y in zip(dna1, dna2)]
它给出:
[1, 2, 4]
【讨论】:
以上是关于从 Python 开始 - 字符串列表的汉明距离的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章