如何将执行命令从 bash 脚本转换为 C？或如何在“W”模式下正确使用 popen()？

Posted 2023-04-13

【中文标题】如何将执行命令从 bash 脚本转换为 C？或如何在“W”模式下正确使用 popen()？

【英文标题】：How to translate execution commands from bash script to C? or How to properly use popen() in "W" mode?

【发布时间】：2011-02-09 18:36:04

【问题描述】：

大家好。我正在尝试将执行程序（称为 pdb2gmx）的简单 bash 脚本转换为 C 命令，以便可以将其作为函数包含在更大的程序中，但在实现它时遇到了一些麻烦。

bash 脚本：

#!/bin/sh
/usr/local/gromacs/bin/pdb2gmx -f $1.pdb -o $1.gro -p $1.top << EOF
14
6

所以发生的情况是，当运行程序时，它会停止并在两个不同的点要求用户输入，一个接一个。在 bash 脚本中，只需放下 14 和 6 似乎就可以满足输入要求，但我似乎无法在 C 中实现相同的技巧（另外，我不确定 EOF 在那里做什么，我我只是按照别人的例子，没有它，脚本将无法工作）。

这是我目前在 C 中所拥有的：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

int main() 
    FILE * pdb2gmx;
    pdb2gmx = popen( "pdb2gmx -f 1BEO.pdb -o 1BEO.gro -p 1BEO.top" , "w" );
    fprintf( pdb2gmx, "EOF" );
    fprintf( pdb2gmx, "14" );
    fprintf( pdb2gmx, "6" );
    pclose( pdb2gmx );

但是当执行此代码时，pdb2gmx 只是挂在需要用户输入的第一个点。那么我错过了什么？

我的感觉是 C 程序本身也在执行 popen 行，并且永远不会到达 fprintf 行，但我认为将 popen 模式设置为 "w" 你可以只是将返回的流视为用户输入，所以我很困惑。

【问题讨论】：

调用 fprintf 后是否尝试过刷新？

shell 脚本应该将EOF 作为最后一行作为第一个EOF 的结束分隔符。没有它它会工作，但它可能会发出警告。如果这些数据行后面的脚本中有更多命令，您肯定会需要它。

【参考方案1】：

您可能需要在这些 fprintf 字符串的末尾添加一些换行符 (\n)...

【讨论】：

哇。从来没有想过，但是这么简单。现在可以了。谢谢！

而且你不需要 EOF。 "

【参考方案2】：

您是否检查了pdb2gmx 的值 - 您是否正确设置了路径以便您的程序可以找到 pdb2gmx 可执行文件？

您可能还想在 fprintf() 之后调用 fflush()