在热图中重用颜色键

Posted 2023-02-16

【中文标题】在热图中重用颜色键

【英文标题】：reuse color keys across heatmaps

【发布时间】：2013-05-31 20:06:24

【问题描述】：

我正在使用热图 2 来生成热图，我想在不同的数据集中重复使用相同的颜色范围/键。

例如，我正在重复相同的实验，但在一次运行中，我的数据点在[0, 10] 范围内，而另一方面，数据点在[0, 20] 范围内。目前，热图会将red->white 映射到[0, 10] 和[0, 20]，具体取决于数据集。

有什么方法可以在我的所有热图中使用“绝对”颜色范围，以便相同的颜色代表所有热图的相同值？

谢谢。

【参考方案1】：

要在不同的热图中重复使用颜色范围，您应该明确指定颜色范围中的中断。您没有提供可重现的示例，因此这是一个通用示例：

library("gplots")
breaks = c(seq(-5, 0, length.out=128), 
           seq(0, 3, length.out=128))
heatmap.2(hm_data, dendrogram='row', Colv=FALSE,
              col=bluered(255), key=TRUE, labRow=row_names,
              breaks=breaks, symkey=FALSE, density.info="none", 
              trace="none", cexRow=0.5, cexCol=0.75) 

【讨论】：

效果很好，谢谢。我被赋予“中断”一个整数而不是一个向量，这显然使它使用了 min:max 范围，duh，:P。