从 data.frame 创建邻接列表

Posted 2023-02-14

【中文标题】从 data.frame 创建邻接列表

【英文标题】：Creating an adjacency list from a data.frame

【发布时间】：2010-11-10 00:36:13

【问题描述】：

我有一个包含 2 列的 data.frame：节点 A，节点 B。框架中的每个条目都意味着节点 A 和 B 之间的图中的一条边。

必须有一个很好的单行来将此 data.frame 转换为邻接列表。有什么提示吗？

【参考方案1】：

既然你标记了这个igraph，那么使用内置功能怎么样？

> g <- graph.data.frame( edges )
> adjlist <- get.adjedgelist(g)

唯一需要注意的是顶点索引为零，这将随着 igraph 0.6 的变化而变化。

【参考方案2】：

> edges <- data.frame(nodea=c(1,2,4,2,1), nodeb=c(1,2,3,4,5))

> attach(edges)

> tapply(nodeb,nodea,unique)

$`1`
[1] 1 5

$`2`
[1] 2 4

$`4`
[1] 3

【讨论】：

出于某种奇怪的原因，R tapply(as.character(nodeb),as.character(nodea),unique) 将我的超长表格（100,000 行）转换为列表比 tapply(nodeb,nodea,unique) 快 100 倍！！！

【参考方案3】：

又快又脏……

> edges <- data.frame(nodea=c(1,2,4,2,1), nodeb=c(1,2,3,4,5))

> adjlist <- by(edges, edges$nodea, function(x) x$nodeb)

> for (i in as.character(unique(edges$nodea))) 
+   cat(i, ' -> ', adjlist[[i]], '\n')
+ 

1  ->  1 5
2  ->  2 4
4  ->  3

> adjlist
edges$nodea: 1
[1] 1 5
------------------------------------------------------------
edges$nodea: 2
[1] 2 4
------------------------------------------------------------
edges$nodea: 4
[1] 3

【讨论】：

咕。是的。这是一个完美的单线。奇怪的是，我的 for 循环解决方案的运行速度是 by() 的两倍。

确实，当您的表有 50,000 长（约 5000 个标识符）时，它并不是很快。有更快的替代品吗？

【参考方案4】：

你甚至会如何在 R 中表示邻接表？它需要一组相邻节点的可变大小列表；那么你必须使用 list();但是在 R 中使用它有什么好处呢？

我可以想到类似 sapply 的函数的蹩脚技巧，但它们对每个节点进行线性扫描。但是玩了 1 分钟，这里是：pairlists 的列表，其中每对的第二项是邻接列表。输出比数据结构更疯狂。

> edgelist=data.frame(A=c(1,1,2,2,2),B=c(1,2,2,3,4))
> library(plyr)
> llply(1:max(edgelist), function(a) list(node=a, adjacents=as.list(edgelist$B[edgelist$A==a])))
[[1]]
[[1]]$node
[1] 1

[[1]]$adjacents
[[1]]$adjacents[[1]]
[1] 1

[[1]]$adjacents[[2]]
[1] 2



[[2]]
[[2]]$node
[1] 2

[[2]]$adjacents
[[2]]$adjacents[[1]]
[1] 2

[[2]]$adjacents[[2]]
[1] 3

[[2]]$adjacents[[3]]
[1] 4



[[3]]
[[3]]$node
[1] 3

[[3]]$adjacents
list()


[[4]]
[[4]]$node
[1] 4

[[4]]$adjacents
list()

【讨论】：

Brendan - 标准方式（至少从 igraph 的角度来看）是一个顶点列表 - 每个列表元素都是相邻顶点的向量。