从使用 devtools 加载的包中设置 ReferenceClass 时，R 中的 Shiny 出错

Posted 2023-03-24

【中文标题】从使用 devtools 加载的包中设置 ReferenceClass 时，R 中的 Shiny 出错

【英文标题】：Error in Shiny in R when setting a ReferenceClass from a package loaded with devtools

【发布时间】：2015-11-13 09:02:30

【问题描述】：

这是一个非常具体的问题。

我有一个简单的 Shiny 应用程序，使用最新版本的 R (3.2.2)、RStudio (0.99.473)，所有软件包都是最新的，在 Windows 7 和 Ubuntu 14.04 中进行了测试。同样的事情发生在两个 SO 中。

我有一个嵌入在“包”中的函数库，其中包含正确创建的说明文件。我使用 devtools 来加载这个包。所以，我非常简单的 Shiny 应用程序的第一行代码是

library("devtools")
load_all("../../RTEMP");

因为我打算在 Shiny 应用程序中使用其中一些功能。包名实际上不是 RTEMP，我临时创建这个是为了隔离问题。这个临时包在 RTEMP/R/ 中有一个文件，something.r。该文件包含一行代码：

AA <- setRefClass("AA");

所以我正在创建一个只有名称的引用类（我的原始代码依赖于这种类型的 R 对象）。我没有对包做任何事情，只是加载它。

在打开 RStudio 后第一次运行 Shiny 应用程序时，它运行良好。如果我关闭应用程序并再次打开它，我会收到以下错误消息：

ERROR: shinyjs: you cannot mix named and unnamed arguments in the same function call

奇怪的是，如果我将 Shiny 应用的开头更改为：

#library("devtools")
#load_all("../../RTEMP");
AA <- setRefClass("AA");

所以，在 Shiny 应用程序中注释包加载和设置引用类，一切正常。

当我从加载有 devtools 的包中调用 setRefClass 时会出现问题，但当我直接从 Shiny 调用它时不会。另外，我可以第一次加载它，但不能第二次加载（闪亮的窗口只是显示上面的错误消息）。

任何想法可能导致此错误？

非常感谢。

【问题讨论】：

我认为这个问题更多地与 devtools 相关，而不是 Shiny。执行 load_all 时，该函数默认尝试卸载包并再次加载。卸载函数的文档提到了 S4 类的一些错误，即它们没有正确卸载。我想知道 refClasses 是否会遇到同样的问题。在我看来，我第二次加载包时，我第一次加载的残留物可能会导致这个错误。

查看错误消息，它似乎正在尝试调用shinyjs 函数。如果加载了shinyjs，并且您对shinyjs 具有的函数进行了非命名空间函数调用，则可能会发生这种情况。例如，shinyjs 有一个函数info，所以如果你使用的包调用了info，它可能会意外到达shinyjs 版本。我刚刚更新了shinyjs github版本，还包含了错误消息中调用的函数，所以你可以尝试下载最新版本（devtools::install_github("daattali/shinyjs")），看看是什么函数导致了这个错误

谢谢，@daattali。通过您的更新，我发现问题的原因是函数removeClass - 所以我认为问题是由devtools 在第二次加载包之前调用它的unload 函数引起的。

因为我认为这实际上是devtools 中的一个错误，所以我在那里报告了一个错误，这里是link。

如果是 removeClass 方法，我的猜测是有人调用了 removeClass，而应该是 methods::removeClass

【参考方案1】：

实际上是devtools 包中的一个问题导致与shinyjs 不兼容。我提交了这个bug report，希望这不会在下一个版本中发生。

如果您在使用 Shiny 时遇到类似的错误消息，可能是其他包（或您自己的包）中的其他函数需要命名空间。

【讨论】：

这是一个在很多包中都会发生的问题，并且自 2015 年 6 月 29 日以来，它正在被检查。所以任何在 6 月 29 日之后提交给 CRAN 的包都不会出现这个问题，因为他们现在对命名空间非常严格。