用于在 Rstudio 中将工作目录设置为源文件位置的 R 命令

Posted 2023-03-22

【中文标题】用于在 Rstudio 中将工作目录设置为源文件位置的 R 命令

【英文标题】：R command for setting working directory to source file location in Rstudio

【发布时间】：2012-11-20 07:08:00

【问题描述】：

我正在编写一些 R 教程。每个 R 代码都包含在一个特定的文件夹中。里面有数据文件和其他文件。我想打开 .r 文件并获取它，这样我就不必更改 Rstudio 中的工作目录，如下所示：

有没有办法在 R 中自动指定我的工作目录。

【问题讨论】：

这可能是个骗子。见?setwd?getwd

***.com/questions/3452086/getting-path-of-an-r-script

不是骗子，发帖者想要load .rdata-files 在同一个文件夹中，而不是source 将工作目录设置为源文件的路径。

【参考方案1】：

要获取源脚本的位置，您可以使用utils::getSrcDirectory 或utils::getSrcFilename。因此，可以通过以下方式将工作目录更改为当前文件的目录：

setwd(getSrcDirectory()[1])

如果您运行代码而不是源代码，这在 RStudio 中不起作用。为此，您需要使用rstudioapi::getActiveDocumentContext。

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

当然，第二种解决方案要求您使用 RStudio 作为 IDE。

【讨论】：

您自己在***.com/a/35842176/1247080 的答案有效（但必须包含目录名）。我加了

请注意，当您在 RStudio 的控制台中运行 getActiveDocumentContext() 时，路径会报告为 ''。但是，如果您在编辑器部分运行代码行，它将按预期执行。这可能会解决@Andru 的评论

@giac_man 听起来您使用的是非常旧的 rstudioapi 软件包版本。尝试更新到最新版本。

setwd(getSrcDirectory()[1]) 在我获取文件时对我不起作用。 rstudioapi 解决方案有效。

@mjs 在控制台顶部，您应该会看到当前工作目录。右边是一个小箭头。单击该按钮可在文件浏览器中显示当前工作目录。

【参考方案2】：

我知道这个问题已经过时，但我也在寻找解决方案，Google 将其列在最顶部：

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)

把它放到文件的某个地方（不过最好是开头），这样 wd 就会根据那个文件而改变。

根据 cmets 的说法，这可能不一定适用于每个平台（Windows 似乎可以工作，Linux/Mac 适合某些平台）。 请记住，此解决方案用于“采购”文件，不一定用于在该文件中运行块。

另见get filename and path of `source`d file

【讨论】：

对我也不起作用：Error in dirname(parent.frame(2)$ofile) : a character vector argument expected

这里的问题与 Linux 上的@Matt O'Brien 相同。

如果有来源，工作完美。

在 Windows 10 上的 RStudio v1.0.143 中为我工作。如果您选择“保存时的源”，它将正常工作（您可以使用“cat”打印出检测到的目录）。如果选择行然后执行它们，则结果为空。

这适用于我在 Mac 上获取文件时。但是，正如@Contango 上面指出的那样，通过突出显示一个块并按Command + Return 以交互方式执行代码时，它将不起作用。在这种情况下，由于您没有获取文件，因此没有源文件可以从中提取工作目录。答案不需要指定特定于平台的警告。

【参考方案3】：

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

对我有用，但如果您不想使用 rstudioapi 并且您不在项目中，则可以在路径中使用符号 ~。符号 ~ 指的是默认的 RStudio 工作目录（至少在 Windows 上）。

如果您的 RStudio 工作目录是“D:/Documents”，setwd("~/proyect1") 与 setwd("D:/Documents/proyect1") 相同。

设置后，您可以导航到子目录：read.csv("DATA/mydata.csv")。与read.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv")相同。

如果要导航到父文件夹，可以使用"../"。 例如：read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv") 等同于read.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")

无论您使用什么计算机，这都是我编写脚本的最佳方式。

【参考方案4】：

对于rstudio，您可以像这样使用rstudioapi 自动将您的工作目录设置为脚本目录：

library(rstudioapi)

# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path 
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )

这在运行或获取文件时有效。

您需要先安装包 rstudioapi。 请注意，我打印路径是为了 100% 确定我在正确的位置，但这是可选的。

【讨论】：

setwd(dirname(current_path)) 中的错误：无法更改工作目录

@helmo 检查您的用户对目标目录是否有写权限。

【参考方案5】：

这个答案可以提供帮助：

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

注意：必须获取脚本才能返回正确的路径

我发现它在：https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory-

BumbleBee 的答案（使用 parent.frame 而不是 sys.frame）对我不起作用，我总是收到错误。

【参考方案6】：

解决办法

dirname(parent.frame(2)$ofile)

不适合我。

我正在使用蛮力算法，但有效：

File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)

搜索目录更容易：

Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])

【讨论】：

这个解决方案的问题是速度很慢。搜索所有文件并存储在一个变量中也会占用大量内存。

【参考方案7】：

如果你在 Linux 上工作，你可以试试这个：

setwd(system("pwd", intern = T) )

它对我有用。

【讨论】：

这只是给出你的主目录（你的 shell 开始的地方）。

它给出了你运行的脚本所在目录的路径。

pwd 代表当前工作目录。这会将目录设置为 shell 的当前目录。

pwd 也适用于 PowerShell（目前被认为是 Windows 上的默认 shell），它是 Get-Location 的别名。

【参考方案8】：

我意识到这是一个旧线程，但我遇到了类似的问题，需要设置工作目录并且无法获得任何适合我的解决方案。以下是有效的方法，以防其他人稍后偶然发现：

# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)

这有点复杂，但基本上这使用系统命令来获取工作目录并将其保存到 dummyfile.txt，然后 R 使用 data.table::fread 读取该文件。剩下的就是清理打印到文件中的内容，这样我就只剩下目录路径了。

我需要在集群上运行 R，因此无法知道我最终会进入哪个目录（作业被分配了一个编号和一个计算节点）。这对我有用。

【参考方案9】：

here 包提供了here() 函数，它根据一些启发式方法返回您的项目根目录。

不是完美的解决方案，因为它找不到脚本的位置，但它足以满足某些目的，所以我想我会把它放在这里。

【讨论】：

感谢您的回答。可以通过在源代码中调用 here::set_here() 来利用当前脚本的位置。

【参考方案10】：

我知道这已经过时了，但我无法让以前的答案非常令人满意地工作，所以我想贡献我的方法，以防其他人遇到 cmets 中提到的 BumbleBee 答案中提到的相同错误。

我的基于一个简单的系统命令。您提供的所有功能都是脚本的名称：

extractRootDir <- function(x) 
    abs <- suppressWarnings(system(paste("find ./ -name",x), wait=T, intern=T, ignore.stderr=T))[1];
    path <- paste("~",substr(abs, 3, length(strsplit(abs,"")[[1]])),sep="");
    ret <- gsub(x, "", path);
    return(ret);


setwd(extractRootDir("myScript.R"));

函数的输出看起来像"/Users/you/Path/To/Script"。希望这可以帮助其他可能陷入困境的人。

【参考方案11】：

我只是在寻找解决这个问题的方法，来到这个页面。我知道它过时了，但以前的解决方案不满意或对我不起作用。如果有兴趣，这是我的工作。

filename = "your_file.R"
filepath = file.choose()  # browse and select your_file.R in the window
dir = substr(filepath, 1, nchar(filepath)-nchar(filename))
setwd(dir)

【讨论】：

你有理由不只使用setwd( dirname(filepath) ) 吗？

【参考方案12】：

如果您使用 UTF-8 编码：

path <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Encoding(path) <- "UTF-8"
setwd(dirname(path))

如果您还没有安装包 rstudioapi，则需要安装。

【讨论】：

setwd(dirname(path)) 中的错误：无法更改工作目录

``` setwd(dirname(path)) 中的错误：无法更改工作目录`` 您的解决方案不起作用，请检查您的答案

【参考方案13】：

大多数 GUI 假定如果您在一个目录中并“打开”、双击或以其他方式尝试执行 .R 文件，除非另有说明，否则它所在的目录将是工作目录。 Mac GUI 提供了一种更改默认行为的方法，该默认行为可在您在运行会话中设置的首选项的启动面板中更改，并在下一次“启动”时生效。你还应该看看：

?Startup

RStudio 文档说：

“通过文件关联启动时，RStudio 会自动将工作目录设置为打开文件的目录。”默认设置是将 RStudio 注册为 .R 文件的处理程序，尽管也提到了为 .Rdata 和 .R 扩展设置与 RStudio 的默认“关联”的能力。 Linux 上的“处理程序”状态和“关联”状态是否相同，我无法确定。

http://www.rstudio.com/ide/docs/using/workspaces

【讨论】：

肯定 RStudio 不会做出这样的假设。

它的行为方式与我在机器上描述的方式相同。我没有对 RStudio Preferences 做任何特别的事情。

在 Linux 上不这样做 :)

“当通过文件关联启动时”是这里的关键条件。有些人可能会通过终端中的快捷方式或命令启动 Rstudio。您需要打开文件并将打开 .R 文件的默认设置为 Rstudio。如果您先打开 Rstudio（然后打开文件），它将无法按描述工作。通过文件关联，上述答案适用于 windows 和 mac（可能不是 linux，正如@nico 指出的那样 - 但我无法验证这一点，因为我没有 linux 机器）。

【参考方案14】：

dirname(parent.frame(2)$ofile)  

对我也不起作用，但以下内容（如 https://***.com/a/35842176/992088 中所建议）在 ubuntu 14.04 中对我有用

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

【讨论】：

Error: 'getActiveDocumentContext' is not an exported object from 'namespace:rstudioapi' 也在 Ubuntu 14.04 中

或许你可以先尝试安装rstudioapi包。

这很奇怪。我在 32 位 ubuntu 14.04 中使用 R-3.2.4。我希望不是因为操作系统或不同版本的 R。

【参考方案15】：

这是另一种方法：

set2 <- function(name=NULL) 
  wd <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
  if (!is.null(name)) 
    if (substr(name, nchar(name) - 1, nchar(name)) != '.R') 
      name <- paste0(name, '.R')
  
  else 
    name <- stringr::word(wd, -1, sep='/')
  
  wd <- gsub(wd, pattern=paste0('/', name), replacement = '')
  no_print <- eval(expr=setwd(wd), envir = .GlobalEnv)

set2()

【参考方案16】：

我觉得自己像只知更鸟，但我要说：我知道这篇文章很旧，但是......

我最近才了解到，在从任务计划程序和 .bat 文件运行脚本时，您无法调用 api。我经过惨痛的教训才学到这个。认为那些使用任何 rstudioapi:: 方法的人可能想知道这一点。我们以这种方式在一夜之间运行了很多脚本。最近刚刚更改了我们的路径以包含调用的 api，以便我们可以“动态”设置工作目录。然后，当我们尝试的第一个尝试在任务计划程序触发时失败时，调查带来了该信息。

这是揭示此问题的实际代码： setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

如果您正在运行脚本，效果会非常好！

只需加上我的两分钱，因为我知道人们仍然会拉起这些线程，认为这可能会有所帮助。