“kernelUD 中的错误：至少需要 5 次重定位才能适应主范围”，但每组的重定位数超过 5 次

Posted 2023-03-17

【中文标题】“kernelUD 中的错误：至少需要 5 次重定位才能适应主范围”，但每组的重定位数超过 5 次

【英文标题】："Error in kernelUD: At least 5 relocations required to fit a home range" but have many more than 5 relocations per group

【发布时间】：2021-05-09 12:11:49

【问题描述】：

我一直在按人口和每包在各种时间尺度上对某个地区的犬科动物群体进行内核密度家庭范围估计。但是，当我尝试每年在一个子集上运行 kernelUD 时，我得到Error in kernelUD(P17.sp[, "Pack"], h = "href", grid = 500, same4all = TRUE) : At least 5 relocations are required to fit an home range。我之前消除了所有重定位数少于 5 的组，当我仔细检查我的数据框时，最小的重定位数是 201。我能够在每包的全球数据集（跨年）上运行它并且没有问题。任何帮助或见解将不胜感激。

我使用的代码如下。我的原始数据框有 Pack 作为因子（并且是数据框中唯一的因子向量）和纬度/经度的数字坐标。

library(dplyr)
library(raster)
library(sp)
library(adehabitatHR)
library(lubridate)
library(data.table)

# Make spatial
Final.sp <- copy(Final)
coordinates(Final.sp) <- c("Longitude", "Latitude")
proj4string(Final.sp) <- CRS( "+init=epsg:4326")

#Subset by year
P17.sp <- Final.sp[Final.sp@data$Year == 2017, ]

# Make sure every pack has at least 5 relocations
P17 <- as.data.frame(P17.sp)
P17 %>% group_by(Pack) %>% summarise(n()) %>% view()

# What the output from above looks like
    Year       Pack         n()
#1  2017    Gryffindor      201
#2  2017    Slytherin       222
#3  2017    Hufflepuff      234
#4  2017    Ravenclaw       281
#5  2017    Deatheaters     306
#6  2017    Muggles         577
#7  2017    Dementors       582
#8  2017    Hobbits         787
#9  2017    Elves           861
#10 2017    Orcs            914

# Create KDEs
P17.kde <- kernelUD(P17.sp[,"Pack"], h="href", grid=500, same4all = TRUE)

Error in kernelUD(WP17.sp[, "Pack"], h = "href", grid = 200, same4all = TRUE) : 
  At least 5 relocations are required to fit an home range```

【参考方案1】：

让它工作。看来它携带的包没有子集年份的数据，并且它们没有出现在我的 dplyr 表中，旨在检查数据是否正确。 ftable 能够向我显示每个包的级别和相关的点数。下面的代码现在可以工作了：

# Subset by year
P17.sp <- Final.sp[Final.sp@data$Year == 2017, ]

# Refactor pack or else it will include packs from other years with no data for subset year
P17.sp@data$Pack <- factor(P17.sp@data$Pack)

# Double check all packs have at least 5 relocations
as.data.frame(ftable(P17.sp@data$Pack))

# Create KDEs
P17.kde <- kernelUD(P17.sp[,"Pack"], h="href", grid=500, same4all = TRUE)

希望这对遇到此问题的其他人有所帮助。