使用 Graphviz 绘制 NetworkX 图

Posted 2023-03-12

【中文标题】使用 Graphviz 绘制 NetworkX 图

【英文标题】：Drawing NetworkX graph with Graphviz

【发布时间】：2021-07-27 21:46:41

【问题描述】：

我正在尝试绘制“Spring Layout”类型的图表。 我可以使用 NetworkX 做到这一点，但我得到了一个非常混乱的图表，我无法整理。 我有一个 250 个分支图，代表一个有一个回路和几个径向分支的电路。

我了解到可以使用 Graphviz 优化节点放置。 确实，NetworkX 似乎具有与 Graphviz 的链接功能，例如 nx.nx_pydot.graphviz_layout(G)

我尝试使用它，但收到以下错误消息：

pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G) 文件 “C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_pydot.py”，行 261，在 graphviz_layout 中 返回 pydot_layout(G=G, prog=prog, root=root, **kwds) 文件“C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_pydot.py”，行 310，在 pydot_layout D_bytes = P.create_dot(prog=prog) 文件“C:\Python27\lib\site-packages\pydot.py”，第 1734 行，在 new_method 中 format=f, prog=prog, encoding=encoding) 文件“C:\Python27\lib\site-packages\pydot.py”，第 1933 行，在创建中 raise OSError(*args) OSError: [Errno 2] "neato" not found in path.

我已经正确安装了这两个库，并通过键入将它们包含在我的 Python 代码中：

import networkx as nx
import graphviz as gv

我应该安装任何其他库以使其正常工作吗？

欢迎任何帮助。 谢谢。

Eneko。

【参考方案1】：

通过添加import pydot 并使用pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G,prog,root) 设置节点位置解决了该问题 实际上，它可以与以下pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G)

一起使用

最后，我的代码如下所示：

G = nx.Graph()
G.add_weighted_edges_from(BranchList)
prog='neato'
root=None
# pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G,prog,root)
pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G)
plt.figure()    
nx.draw(G,pos,edge_color='black',width=1,linewidths=1, node_size=10,node_color='blue',alpha=0.9)
plt.axis('on')
plt.show()

请注意，我将两个可能的节点定位 pos= 解决方案之一保留为注释行。

干杯。 埃内科