无法在 Jupyter Notebook 中显示 graphviz 树

Posted 2023-03-12

【中文标题】无法在 Jupyter Notebook 中显示 graphviz 树

【英文标题】：Can't display graphviz tree in Jupyter Notebook

【发布时间】：2018-10-26 00:43:06

【问题描述】：

我正在尝试在 Jupyter Notebook 中显示决策树，但我不断收到消息：

CalledProcessError: Command '['dot.bat', '-Tsvg']' returned non-zero exit status 1

我正在使用以下代码：

from sklearn.datasets import load_iris 
from sklearn import tree
import graphviz
from IPython.display import SVG
iris = load_iris()
clf = tree.DecisionTreeClassifier()
fitted_clf = clf.fit(iris.data, iris.target)
graph = graphviz.Source(tree.export_graphviz(fitted_clf, 
                               feature_names = iris.feature_names,
                               class_names = iris.target_names, 
                               filled = True, rounded = True, 
                               special_characters = True))
SVG(graph.pipe(format='svg'))

当我尝试使用“管道”时，最后一行引发了异常。 我也试过：

graph.format = 'png'
graph.render('example')

而不是管道，但我继续提出类似的异常：

CalledProcessError: Command '['dot.bat', '-Tpng', '-O', 'example']' returned non-zero exit status 1

知道是什么导致了这种行为吗？我该如何解决？

（我正在使用 Python 3.5.2、sklearn 0.17.1、graphviz 0.8.2 和 IPython 6.4.0）

【参考方案1】：

从 conda-forge repo 安装 graphviz xorg-libxrender xorg-libxpm，来自 pip 的 python 绑定通常可以为我解决这个问题。

conda install -c conda-forge graphviz xorg-libxrender xorg-libxpm
pip install graphviz

别忘了先卸载之前安装的包。

【讨论】：

这对我不起作用：第二部分未正确绑定到第一部分。对我有用的解决方案是使用conda install python-graphviz 而不是pip install graphviz：另见***.com/a/47043173/7262247

【参考方案2】：

如果您使用 conda，Paul-Armand 的答案应该可以工作。如果没有，那么你必须运行：

brew install graphviz
pip install graphviz

如果您收到警告说 graphviz 已安装但未链接，请按照说明链接它。即brew link graphviz（或brew link --overwrite graphviz，如果前者给出错误）。

它在没有 brew 的情况下在 conda 中工作的原因是 conda install graphviz 实际上安装的是 c++ 库而不是 python 库。