如何根据集群之间的距离阈值来决定集群的数量,以便使用 sklearn 进行凝聚聚类?
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【中文标题】如何根据集群之间的距离阈值来决定集群的数量,以便使用 sklearn 进行凝聚聚类?【英文标题】:How to decide the numbers of clusters based on a distance threshold between clusters for agglomerative clustering with sklearn? 【发布时间】:2019-01-27 01:06:21 【问题描述】:使用sklearn
中的sklearn.cluster.AgglomerativeClustering
,我需要提前指定生成的集群的数量。我想做的是合并集群,直到达到集群之间的某个最大距离,然后停止集群过程。
因此,聚类的数量可能会因数据结构而异。我也不关心生成的集群的数量或集群的大小,只关心集群质心不超过一定距离。
我怎样才能做到这一点?
【问题讨论】:
【参考方案1】:直接使用 scipy 而不是 sklearn。恕我直言,它好多了。
层次聚类是一个三步过程:
-
计算树状图
可视化和分析
提取分支
但这不符合 sklearn 的面向监督学习的 API 偏好,它希望一切都实现 fit
、predict
API...
SciPy 为您提供了一个功能:
https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.fcluster.html#scipy.cluster.hierarchy.fcluster
【讨论】:
【参考方案2】:对于 scikit-learn 的凝聚聚类中的 distance_threshold
参数的拉取请求可能很有趣:
https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/pull/9069
看起来它会在 0.22 版本中合并。
编辑:请参阅my answer to my own question,了解使用 scipy 使用基于距离的停止标准实现单链接聚类的示例。
【讨论】:
以上是关于如何根据集群之间的距离阈值来决定集群的数量,以便使用 sklearn 进行凝聚聚类?的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章