Python-RPy - “x$terms 中的错误：$ 运算符对原子向量无效”

Posted 2023-03-12

【中文标题】Python-RPy - “x$terms 中的错误：$ 运算符对原子向量无效”

【英文标题】：Python-RPy - "Error in x$terms : $ operator is invalid for atomic vectors"

【发布时间】：2013-01-19 04:37:04

【问题描述】：

我是 RPy 的新手，如果我的问题是微不足道的，请原谅。我正在尝试在 Python 中编写此主题的最佳解决方案：Screening (multi)collinearity in a regression model，但出现以下错误：

rpy.RPy_RException: x$terms 中的错误：$ 运算符对原子向量无效

我写的代码：

from rpy import *
r.set_seed(42)
a=r.rnorm(100)
b=r.rnorm(100)
m=r.model_matrix('~a+b')

我做错了什么？

编辑： 使用 agstudy 写的回复（感谢您的帮助！）我准备了适用于 rpy2 的解决方案

from rpy2 import robjects
rset_seed = robjects.r('set.seed')
fmla = robjects.Formula('~a+b')
model_matrix = robjects.r('model.matrix')
rnorm = robjects.r('rnorm')
rset_seed(42)
env = fmla.environment
env['a']=rnorm(100)
env['b']=rnorm(100)
m=model_matrix(fmla)

【参考方案1】：

这应该可以工作

fmla = r.Formula('~a+b')
env = fmla.environment
env['a'] = a
env['b'] = b
r.model_matrix(fmla)

在 R 中，您可以重现错误

set_seed(42)
a=rnorm(100)
b=rnorm(100)
m=model.matrix('~a+b')
Error: $ operator is invalid for atomic vectors
m=model.matrix(formula('~a+b')) ## this works
  (Intercept)          a          b
1           1 -0.1011361  0.4354445
2           1  0.3782215 -1.5322641
3           1  1.4772023  0.3280948
4           1  0.2892421  1.9012016
5           1 -0.2596562  0.2036678
6           1 -0.5585396 -0.1536021

【讨论】：

m=model.matrix(~a+b) 怎么样？

@MatthewLundberg 谢谢。这当然适用于 R。但是 rpy/rpy2 呢？

我在 rpy 中检查了 'm=r.model_matrix(r.formula("~a+b"))'，但出现以下错误：'rpy.RPy_RException: Error in eval(expr, envir, enclos) : 对象“a”未找到'

@user1633361 我更新了我的答案。我没有 rpy 控制台来测试我的答案。我基本上给了你这个想法。