如何使用 Python 绘制所有峰值

Posted 2023-03-11

【中文标题】如何使用 Python 绘制所有峰值

【英文标题】：How to plot all peaks using Python

【发布时间】：2017-11-14 02:52:44

【问题描述】：

我正在使用 peakutils Python 包来检测我的数据中的峰值（estimated.csv 的第二列 - 找到 here（点击链接）。

这是我找到峰值的代码：

#/usr/bin/python -tt

import pandas as pd
import peakutils

estimated_data = pd.read_csv("estimated.csv", header=None)
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data
print(col2[:]) # Print all the rows
index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)
print(index) 

峰值检测工作正常。我想绘制所有检测到的峰值，就像在下面的教程中一样。

https://plot.ly/python/peak-finding/

但似乎plotly 似乎无法离线工作。使用Python 包如matplotlib 是否有不同的方法？

【问题讨论】：

我想你知道请求图书馆是题外话？！如果您想询问有关 plot.ly 的问题，请先阅读 this question 然后改写您的问题。如果您想询问有关仅使用 matplotlib 进行绘图的问题，请改写您的问题以询问您使用 matplotlib 时遇到的问题。决定一种特定的方式。如果您想同时探索这两种方式，请提出两个不同的问题。

我今天早上确实看到了这个问题，但对我的帮助不大。我会考虑使用matplotlib。

正如我所说，您应该改写问题以专门询问有关 matplotlib 的问题，然后删除 plotly 错误消息。

好的，完成了！

【参考方案1】：

可以通过使用带有标记的绘图来使用 matplotlib 绘制峰值。数据按从 peakutils 函数中找到的索引进行索引。

import pandas as pd
import peakutils
import matplotlib.pyplot as plt

estimated_data = pd.read_csv("data/estimated.csv", header=None)
col1 = estimated_data[:][0] # First column data
col2 = estimated_data[:][1] # Second column data

index = peakutils.indexes(col2, thres=0.4, min_dist=1000)

plt.plot(col1,col2, lw=0.4, alpha=0.4 )
plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ls="", ms=3 )

plt.show()

为了用一条线连接峰（如 cmets 中所要求的），on 将简单地省略 ls=""，

plt.plot(col1[index],col2[index], marker="o", ms=3 )

【讨论】：

谢谢。这几乎就像一个指数平滑。有没有办法连接这些点（峰）并形成一条线？

如果我们想将峰值坐标（两列的x和y）保存到另一个文件中呢？

你可以使用numpy.savetxt将一个numpy数组保存到一个文件中。

我做了np.savetxt('peak_data.csv', np.vstack((col1,col2)).T, delimiter=',') - 但它保存了所有数据。如果我们使用index，它将打印行号。

我没有发现问题。它会保存您提供给它的数据。