R 不会将行附加到文件（使用 Cat 或 Write）

Posted 2023-03-11

【中文标题】R 不会将行附加到文件（使用 Cat 或 Write）

【英文标题】：R doesn't append lines to file (using Cat or Write)

【发布时间】：2017-02-17 22:22:03

【问题描述】：

我尝试了 *** 中的一些选项（例如1），但这也不起作用，所以我的代码可能有错误：

 fileConn<-file("outputR.txt")
for (i in 1:length(lines))
  line = lines[i]
  fields = strsplit(line, "\t")[[1]]
  id = fields[1]
  goIDs = fields[2:length(fields)]
  list = as.list(GOCCANCESTOR[goIDs])
  text = paste(toString(id), ":", toString(goIDs))
  cat(text, file=fileConn, append=TRUE, sep = "\n")


close(fileConn)

当我运行此代码时，它会不断覆盖 outputR.txt 文件中的数据。 有解决此问题的建议吗？

【问题讨论】：

您可以在this帖子中找到答案。

【参考方案1】：

问题是您将 Fileconnection 与 cat 结合使用，那么附加将不起作用。您可以使用几个选项，最简单的一个是： 首先“创建”文件，如果要添加标题，例如：

header = "some header" 
## if you don't want to use a header then leave the header blank
header =""
cat(text, file="outputR.txt", append=FALSE, sep = "\n")

注意append = FALSE，如果你想清除已经存在的文件，这是必要的，否则你必须使用append = TRUE 您可以使用以下方式向其写入文本：

text = text = paste(toString(id), ":", toString(goIDs))
cat(text file="outputR.txt", append=TRUE, sep = "\n")

【讨论】：

谢谢！ @Rick Beeloo，您忘记将第二个代码示例中的标题更改为文本，但很清楚

【参考方案2】：

这里有两种选择：

1. 以写模式打开文件：

lines <- c("aaaaa", "bbbb")


fileConn<-file("test.txt", "w")
for (i in 1:length(lines))
  line = lines[i]
  cat(line, file=fileConn, append=TRUE, sep = "\n")

close(fileConn)

2 使用带有 append 参数的 write 函数：

lines <- c("aaaaa", "bbbb")

for (i in 1:length(lines))
  line = lines[i]
  write(line,file="test2",append=TRUE)  

【讨论】：

我已经尝试了第二个，这给了我同样的问题（覆盖）

这很奇怪。 fileConn

【参考方案3】：

正如 cat 的帮助页面所述：

附加：逻辑。仅当参数文件是文件名（而不是连接或“|cmd”）时才使用。如果 TRUE 输出将附加到文件中；否则，它将覆盖文件的内容。

因此，如果您在文件参数中使用连接，则附加参数的值将被忽略。

只需将文件参数指定为文件名：

cat(text, file="outputR.txt", append=TRUE, sep = "\n")

您也可以使用指定的正确模式打开文件连接

w+ - 打开读写，最初截断文件。

fileConn <- file("outputR.txt", open = "w+")
for (i in 1:length(lines))
  text <- paste("my text in line", i)
  cat(text, file = fileConn, sep = "\n")

close(fileConn)

【讨论】：

使用cat时需要关闭文件吗？ @wiep

如果您使用file 函数打开了文件，那么您必须关闭连接。如果您使用cat 函数中的文件名，cat 会为您处理这个问题。见源github.com/wch/r-source/blob/trunk/src/library/base/R/cat.R