尝试读取存储在 Julia 中的 HDF5 存储中的表作为数据框

Posted 2023-03-11

【中文标题】尝试读取存储在 Julia 中的 HDF5 存储中的表作为数据框

【英文标题】：Trying to read in tables stored in HDF5 stores in Julia as a Dataframe

【发布时间】：2017-07-27 23:50:56

【问题描述】：

我试图读入存储在 HDF5 存储中的表，并将其作为 Julia 中的数据帧读入。在 Julia 中使用 HDF5 包时，我发现一些文档令人困惑，我一直想知道是否有类似 pandas 的东西：

table_data = pd.read_hdf('filepath', key='group')

我的代码是这样的：

using HDF5

file_input = "filepath/file.h5"

fileop = "r"

table_name = "group"

h5_store = h5read(file_input, fileop)

table_data = read(h5_store, table_name)

close(h5_store)

我一直想知道是不是我做错了什么，并希望得到任何有关这方面的指导

【参考方案1】：

使用h5open 而不是h5read 来修复您的代码：

h5_store = h5open(file_input, fileop)

但是您可以使用h5read，默认情况下使用对 hdf5 文件的只读访问权限：

using HDF5

file_input = "filepath/file.h5"

table_name = "table"

table_data = h5read(file_input, table_name)

【讨论】：

嘿，再次感谢，但即使语法正确，我也会收到“尚不支持”的错误消息。我可能应该注意到 h5 存储中的表是 pytables。提取存储在 Julia 的 h5 存储中的 pytable 对象是否存在兼容性问题？

如果 pytable 包含可变长度数据类型，您将收到错误消息。 HDF5.jl (0.7.3) 的标记版本会检查 HDF5Dataset 中的字符串，如果找到，则会引发“尚未支持”错误。

尝试检查主版本Pkg.checkout("HDF5")并试一试...