在 R 中加载后，我应该如何关闭 hdf5 文件？

Posted 2023-03-11

【中文标题】在 R 中加载后，我应该如何关闭 hdf5 文件？

【英文标题】：How should I close an hdf5 file after loading in R?

【发布时间】：2012-09-23 14:28:50

【问题描述】：

我已经在一台 linux 机器上成功安装了 hdf5 包。我现在希望循环读取大量 hdf5 文件中的数据并创建一个时间序列。每个 hdf5 文件对应不同的时间。在读入许多文件（刚刚超过 1000 个）后，R 说打开了太多文件。我想找到一种关闭它们的方法，以便循环可以继续。代码如下：

    fdate <- "200605312355" # the first date for my test loop
    fmax <- 1400
    arr <- vector()

    for (i in 1:fmax)
      fname <- paste(fdate,"_.h5") # path of h5 file
      fid <- hdf5load(fname) # fid = NULL
      arr[i] <- somevariable$data_array[lon,lat]
      # would like to close the file here
      fdate <- newdate(fdate,60*5) # a function that increments the date by seconds.
    

hdf5 包包含函数 hdf5cleanup，看起来它可以清理东西，但它需要一个文件标识符。我上面代码中的 fid 返回 NULL。尝试插入文件名，即 hdf5cleanup(fname) 导致 R 中止。也许 hdf5load 应该关闭文件并失败。如果是这种情况，有没有办法通过发出 system() 命令或其他方式来关闭连接？

顺便说一句，showConnections() 什么也不返回，嗯，字面上只是标题名称“描述类模式文本 isopen 可以读可以写”。

简而言之我的问题： 使用 hdf5load() 加载 R 中的 hdf5 文件后，如何关闭与它的连接？

【问题讨论】：

我R 正在中止，您应该联系hdf5 包的维护者，因为这不应该发生。维护者也可能会告诉您关闭文件的正确调用。

【参考方案1】：

注意：根据 cmets，以下答案无效。留下它，至少现在是为了标记一条不成功的路线。

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我没有安装hdf5，所以我无法检查这是否有效，所以这有点摸不着头脑：

fname <- paste(fdate,"_.h5") # path of h5 file
# fhandle <- open(fname) # Comment pointed out this was not the intended function
fhandle <- file(description = fname, open = "rb")
hdf5load(fhandle) # hdf5load returns nothing when load=TRUE (the default)
arr[i] <- somevariable$data_array[lon,lat]
close(fhandle)

文档说hdf5load 采用文件名，但它也可能采用文件句柄。如果是这样，这可能会起作用。

【讨论】：

感谢您的及时答复！ open() 函数用于“连接”类，因此在这里不起作用。它给了我尝试fhandle <- file(description = fname, open = "rb")

的想法

我可以打开文件并使用 close(fhandle) 关闭它，但不幸的是 hdf5load(fhandle) 返回错误 first argument must be a pathname。如需更多信息，hdf5load 函数为：function (file, load = TRUE, verbosity = 0, tidy = FALSE) call <- sys.call() .External("do_hdf5load", call, sys.frame(sys.parent()), file, load, as.integer(verbosity), as.logical(tidy), PACKAGE = "hdf5")