获取 HDF5 数据集的维度

Posted 2023-03-11

【中文标题】获取 HDF5 数据集的维度

【英文标题】：Get the dimensions of a HDF5 dataset

【发布时间】：2013-03-25 01:50:00

【问题描述】：

我在我的 C++ 程序中使用了一些 HDF5 文件，我对 H5Dopen 函数有疑问。是否可以在给定文件中获取 hdf5 数据集的尺寸？

hid_t file, dset;
herr_t status;
file = H5Fopen (filenameField, H5F_ACC_RDONLY, H5P_DEFAULT);
dset = H5Dopen (file, "/xField", H5P_DEFAULT);

在执行下一行之前，我想获取dset 的尺寸。

status = H5Dread (dset, H5T_NATIVE_DOUBLE, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT,  &readBuf[0]);

我只找到了H5Dget_storage_size，但这不适合我的情况。

有人知道怎么做吗？

【参考方案1】：

为此，您需要使用以 H5S 为前缀的 dataspace 函数。

HDF5 reference manual 使用这些前缀进行组织，因此有助于理解这一点。

如何获取数据集的维度

首先你需要使用H5Dget_space从你的数据集中获取数据空间：

hid_t dspace = H5Dget_space(dset);

如果你的数据空间是simple（即不是null或scalar），那么你可以使用H5Sget_simple_extent_ndims得到维数：

const int ndims = H5Sget_simple_extent_ndims(dspace);

每个维度的大小使用H5Sget_simple_extent_dims:

hsize_t dims[ndims];
H5Sget_simple_extent_dims(dspace, dims, NULL);

尺寸现在存储在dims。

【参考方案2】：

或者，可以这样完成（如果是简单的数据空间，请参阅 Simons 的回答，如有必要，请与 bool H5::DataSpace::isSimple() const 联系）：

  #include "H5Cpp.h"
  using namespace H5;
  //[...]
  DataSpace dataspace(RANK, dims);
  //[...]
  /*
   * Get the number of dimensions in the dataspace.
   */
  const int rank = dataspace.getSimpleExtentNdims();

这行在大多数情况下可能是多余的，因为整个任务可以分两行完成：

  /*
   * Get the dimension size of each dimension in the dataspace and
   * store the dimentionality in ndims.
   */
  hsize_t dims_out[rank];
  const int ndims = dataspace.getSimpleExtentDims( dims_out, NULL);

函数getSimpleExtentNdims() 可以作为H5::DataSpace 实例的成员调用。

这些代码取自最近的HDF5 C++ reference manual 的examples page (readdata.cpp)。

使用h5c++ 编译所有内容，它应该可以工作。