hdf5 文件到熊猫数据框

Posted 2023-03-11

【中文标题】hdf5 文件到熊猫数据框

【英文标题】：hdf5 file to pandas dataframe

【发布时间】：2017-03-21 06:04:19

【问题描述】：

我下载了一个存储在 .h5 文件中的数据集。 我只需要保留某些列并能够操作其中的数据。

为此，我尝试将其加载到 pandas 数据框中。我试过用：

pd.read_hdf(path)

但我得到：No dataset in HDF5 file.

我在 SO (read HDF5 file to pandas DataFrame with conditions) 上找到了答案，但我不需要条件，答案添加了有关文件编写方式的条件，但我不是文件的创建者，所以我做不到任何关于那个的。

我也尝试过使用 h5py：

df = h5py.File(path)

但这不容易操作，我似乎无法从中取出列（只有使用 df.keys() 的列的名称） 关于如何做到这一点的任何想法？

【参考方案1】：

Pandas HDF 支持需要非常明确地格式化 HDF 文件。您可以查看https://***.com/a/33644128/4128030 了解更多信息。

【讨论】：

是的。更多关于此here 的信息。

【参考方案2】：

将它们读入 Pandas 的最简单方法是转换为 h5py，然后转换为 np.array，然后转换为 DataFrame。它看起来像：

df = pd.DataFrame(np.array(h5py.File(path)['variable_1']))