Anaconda3 libhdf5.so.9：无法打开共享对象文件[在 py2.7 上工作正常，但在 py3.4 上不能正常工作]

Posted 2023-03-11

【中文标题】Anaconda3 libhdf5.so.9：无法打开共享对象文件[在 py2.7 上工作正常，但在 py3.4 上不能正常工作]

【英文标题】：Anaconda3 libhdf5.so.9: cannot open shared object file [works fine on py2.7 but not on py3.4]

【发布时间】：2015-10-16 06:03:13

【问题描述】：

我刚刚尝试在带有 Python 3 内核的 IPython Notebook 中使用 pd.HDFStore（Ubuntu 14.04 上的 Anaconda 2&3）

import pandas as pd
store = pd.HDFStore('/home/Jian/Downloads/test.h5')  

但它会引发以下错误

ImportError: HDFStore requires PyTables, "libhdf5.so.9: cannot open shared object file: No such file or directory" problem importing

我最初以为是因为pytables不知何故丢失，但是当我检查$source activate py34和$conda list时，pytables 3.2.0已经安装在anaconda python3环境下。

另外，如果我切换到 Python 2，例如 $source activate py27 并启动 ipython notebook，它可以正常工作并且不会引发导入错误。

我想我必须错过在 anaconda python 3 env 下配置 pytables 的一些东西，但我无法弄清楚。非常感谢任何帮助。

更新：

我刚刚尝试从官方网站重新安装Anaconda3-2.3.0-Linux-x86_64，结果还是出现了同样的错误。当我在命令行中尝试$locate libhdf5.so.9 时，没有任何显示。

【参考方案1】：

这是我们正在处理的一个已知问题。修复后，conda update --all 将更新库并修复问题。