pandoc 文档转换失败，错误 127

Posted 2023-03-04

【中文标题】pandoc 文档转换失败，错误 127

【英文标题】：pandoc document conversion failed with error 127

【发布时间】：2016-04-13 17:24:21

【问题描述】：

我不确定如何制作一个可重现的示例，但我很想知道是否有其他人遇到过这个问题。我在运行 Ubuntu 的 EC2 实例上通过闪亮的服务器托管了一个 R Markdown 文件。几天来一切正常，现在当我尝试在浏览器中查看文档时突然出现以下错误：

pandoc document conversion failed with error 127

我没有转换为 pdf，没有推送任何更改，并且它在几个小时前就可以工作了。我没有在网上找到很多关于这个错误代码的东西，所以我不知道如何调试这个问题。以前有人遇到过这种情况吗？

【问题讨论】：

这里有类似的错误，在私有 ubuntu 服务器上使用 knit2pdf。重启服务器有帮助。

是的，当多人同时访问一个闪亮的应用程序时，我经常收到这个错误。我认为这与内存有关。

在自托管的 Ubuntu VM 上获取此信息。绝对是我的内存，因为它还说：“系统调用失败：无法分配内存”。 “错误 127”是不透明且无用的，甚至不确定它来自哪里。好吧，我重新启动了 RStudio，它再次工作，所以我假设内存泄漏（是的，第一次 free 实际上显示正在使用的交换空间）

【参考方案1】：

如果没有示例，很难确定您要问什么，但我在尝试从 RStudio 的 EC2 实例“编织到 html”时遇到了同样的错误。

这对我有用：

library("rmarkdown")
render("filename.Rmd", "html_document")

【参考方案2】：

在使用安装了 Ubuntu 16.04 LTS 并运行闪亮应用的 aws EC2 实例时，我遇到了同样的错误。

我的解决方法：我的 app.R 文件的 ui 和服务器功能之外还有一些代码。我将所有外部代码移到服务器函数中，并且不再发生错误。

让我感到困惑的是，即使某些代码在这两个函数之外，该应用程序仍然可以在大部分时间运行！

您可以尝试的另一件事： 一些消息来源指出，此错误是由于内存不足而发生的。为了帮助 aws 实例上的有限内存情况，您应该提供系统可用于释放内存的交换空间。默认情况下，aws EC2 实例上的 Ubuntu 的交换空间为零！您可以使用这些说明，google 也显示很多：http://www.thegeekstuff.com/2010/08/how-to-add-swap-space/

【参考方案3】：

当分配给 R 会话的 RAM 完全用完时，就会发生这种情况。

您的代码中可能存在内存泄漏。

最简单的修复方法是重新启动会话。

【参考方案4】：

我今天遇到了类似的问题（请参阅下面的 .log 文件）：

Warning in system(command) : system call failed: Cannot allocate memory
Warning: Error in : pandoc document conversion failed with error 127
Stack trace (innermost first):
    105: pandoc_convert
    104: convert
    103: render
    102: discover_rmd_resources
    101: find_external_resources
    100: copy_render_intermediates
     99: output_format$intermediates_generator
     98: <Anonymous>
     97: do.call
     96: contextFunc
     95: .getReactiveEnvironment()$runWith
     94: shiny::maskReactiveContext
     93: <reactive>
     82: doc
     81: shiny::renderUI
     80: func
     79: origRenderFunc
     78: output$__reactivedoc__
      3: <Anonymous>
      2: do.call
      1: rmarkdown::run

我也在 E​​C2 实例上通过 Ubuntu 运行 Shiny Server，特别是 t2.micro。我在这里按照票数最高的答案解决了这个问题：How do you add swap to an EC2 instance?

sudo /bin/dd if=/dev/zero of=/var/swap.1 bs=1M count=1024
sudo /sbin/mkswap /var/swap.1
sudo chmod 600 /var/swap.1
sudo /sbin/swapon /var/swap.1

添加到/etc/fstab:

/var/swap.1   swap    swap    defaults        0   0

简而言之，您可以在 EBS 上创建交换（内存）空间（因为 t2.micro 实例没有临时存储），这应该缓解您的内存问题（无需向上移动到更大的 EC2 实例）。

【参考方案5】：

当我尝试使用 RStudio 从 RMarkdown 文件生成 pdf_document 时，我遇到了类似的错误。据我所知：错误 127 表示“找不到文件”。文件不存在或路径不正确。

就我而言，我得到了额外的信息，即找不到 ghostscript。我最近用 Homebrew 安装了新版本的 MacTex。但是

Homebrew 确实……与 MacTex 安装的 ghostscript 冲突 https://github.com/Homebrew/homebrew-core/issues/11368

我的解决方案是按照此处的建议创建指向ghostscript 的符号链接： Ghostscript not writable

sudo chown -R `whoami` /usr/local/share/ghostscript
brew link --overwrite ghostscript

【参考方案6】：

推荐的解决方案如下： 1.检查R的安装位置（假设是C盘） 2. 在 C 盘中腾出一些空间，建议至少 10 GB 3.快乐编码

【参考方案7】：

使用 knitr::kable() 将 tibble 转换为表格时出现此错误

错误：pandoc 文档转换失败，错误 127 6. stop("pandoc 文档转换失败并出现错误", result, call. = FALSE) 5. rmarkdown::pandoc_convert(输入 = rmarkdown::pandoc_path_arg(mdfile), to = "html", 输出 = rmarkdown::pandoc_path_arg(htmlfile)) 4. print.knit_asis(knitr::asis_output(x)) 3. 打印(knitr::asis_output(x)) 2. print.knitr_kable(x) 1. (function (x, ...) UseMethod("print"))(x)

我已经尝试过：

a) 重新启动会话以刷新内存 b) 安装最后一个 pandocs 版本

但是还是不行……

非常感谢。

【讨论】：

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【参考方案8】：

我知道这是一个老问题，但正如 vivek 所说，重新启动服务器对我有用：

sudo systemctl restart shiny-server