循环遍历目录一层，并在该目录中以目录名作为参数执行脚本

Posted 2023-02-25

【中文标题】循环遍历目录一层，并在该目录中以目录名作为参数执行脚本

【英文标题】：Loop over directories one level deep and execute script with directory name as argument in bash in that directory

【发布时间】：2021-12-28 09:13:39

【问题描述】：

我有一个批处理脚本，我想用它在特定级别的所有目录上运行。它调用一个脚本（recon1.sh），该脚本将目录名称作为参数并将结果文件夹存储在每个子目录中。 我想要的是，当 pathway_name 从命令行（bash batch_recon1.sh path_X）指定时，它 cd进入每个蛋白质文件夹（蛋白质_A，蛋白质_B，...。蛋白质_Z）并执行recon1.sh并对路径文件夹下的所有蛋白质执行此操作。目前，它在一种蛋白质（蛋白质_A）对于蛋白质_B 和其他蛋白质没有开始之后结束。我怎样才能解决这个问题？我尝试使用更简单的脚本，该脚本仅在子文件夹上循环一层，并将该目录中的 file_names 写入文本文件，效果很好，但由于某种原因，此代码（batch_recon1.sh for recon1.sh）不起作用.有人可以帮忙吗？

文件夹结构：

[软件文件夹]

$HOME/ProjName/software/batch_recon1.sh

$HOME/ProjName/software/recon1.sh

[项目文件夹]

$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/

$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_id
$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_searchRes
$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_A/protein_A_alignment

$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/

$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_id
$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_searchRes
$HOME/ProjName/pathways/Pathway_X/protein_B/protein_B_alignment

recon1.sh 将 protein_name 作为参数 （例如 recon1.sh protein_A）

所以 $dirname 应该是（即）“protein_A”而不是蛋白质文件夹的完整路径。

用作（从命令行）bash batch_recon1.sh Pathway_X

batch_recon1.sh的代码：

    #!/bin/bash
    # -*- coding: utf-8 -*-
        
    set -e
    current_path=$(pwd)
    
    pathway_name=$1
    path_to_folder=$HOME/ProjName/pathways/$pathway_name
    path_to_software_folder=$HOME/ProjName/software

    cd $path_to_folder
    echo '----running batch_reconcile1.sh on pathway:'$@
        
        


    for fol in "$path_to_folder"/*/; do
      [ -d "$fol" ] || continue ## if not a directory skip
      dirname="$(basename "$fol")"
      (cd "$fol" && bash $path_to_software_folder/recon1.sh $dirname )
      cd ..
    done

【问题讨论】：

(cd "$fol" && ...) 在子shell中执行。之后不要cd ..。注意：更好的双引号所有参数扩展（例如pathway_name="$1"）。注意：不需要bash $path_to_software_folder/recon1.sh $dirname。只需"$path_to_software_folder/recon1.sh" "$dirname"。

感谢@RenaudPacalet！出于某种原因，它一直说“权限被拒绝”。我正在通过 Mac 的 ssh 使用 Ubuntu 18 LTS。

$HOME/ProjName/software/recon1.sh$ 是否可执行？如果没有尝试chmod +x $HOME/ProjName/software/recon1.sh。

【参考方案1】：

脚本可能提前退出，因为 recon1.sh 失败，而您有 set -e（如果命令失败则退出）。

由于cd .. 不应该存在，它可能会失败。

在所有蛋白质上继续尝试recon1.sh 可能会更好，即使其中一个失败（这取决于你）。

替换

(cd "$fol" && bash $path_to_software_folder/recon1.sh $dirname )
cd ..

与：

cd "$fol" || continue
bash $path_to_software_folder/recon1.sh "$dirname" || echo "recon1.sh failed for $dirname" >&2

工作目录设置正确。如果 recon1.sh 由于任何原因仍然失败，则会打印错误，但脚本不会退出，并尝试下一个蛋白质。

【讨论】：

这确实是我正在寻找的。（次要：由于某种原因，即使它没有失败，它也会打印“recon1.sh failed for protein_name”。）它现在正在工作！谢谢@dan

只有在recon1.sh 返回非零（失败）时才会打印错误。 shell 脚本返回最后执行命令的状态（除非调用了exit <number>），所以recon1.sh 中的某些命令肯定会失败。它可能只是在完成了您需要它做的事情（或至少做一些事情）之后才这样做。你应该看看recon1.sh。

感谢您指出@dan。事实上，在日志中有一个“没有这样的文件或目录”错误。 （尽管如此，它似乎已经给出了输出（可能是因为存在从 recon1.sh 调用的旧版本的文件）。

@007 不用担心。也许更好的消息可能是an error occurred in recon1.sh for $dirname。或者你可以完全删除这部分（包括||）。如果答案对您有用，您可以接受（如果您愿意）。谢谢。