在 R 中创建类似 sgplot 的离散热图

Posted 2023-02-16

【中文标题】在 R 中创建类似 sgplot 的离散热图

【英文标题】：Creating sgplot-like discrete heatmap in R

【发布时间】：2021-06-25 16:50:36

【问题描述】：

我想在 R 中创建一个热图，类似于 SAS 的 proc sgplot 的输出，如下所示。

我能做的最好的就是

set.seed(1)
testdat <- data.frame(reader= c(rep(c("reader1","reader2","reader3"),each=6)),
                      case= c(rep(c("Case1","Case1","Case2","Case2","Case3","Case3"),3)),
                      q=c(rep(c("Q3","Q4"),18)),
                      value=ordered(sample(1:5,18,replace=T)))

> head(testdat,7)
   reader  case  q value
1 reader1 Case1 Q3     1
2 reader1 Case1 Q4     4
3 reader1 Case2 Q3     1
4 reader1 Case2 Q4     2
5 reader1 Case3 Q3     5
6 reader1 Case3 Q4     3
7 reader2 Case1 Q3     2

用ggplot

library(ggplot)
testheat <- ggplot(testdat, aes(q,reader,fill=value,label=q)) +
  geom_tile() +
  facet_wrap(~case,scales="fixed") +
  scale_fill_manual(values=c("white","lightgreen","green","indianred1","red")) +
  scale_y_discrete(limits=rev) + 
  scale_x_discrete(position = "top")

创造

这...看起来并不令人印象深刻。如何使热图看起来像 sgplot 输出？

【问题讨论】：

你在问如何让这个情节看起来“令人印象深刻”？这到底是什么意思呢？您具体要更改哪些内容以使其看起来更像sgplot？

我应该更具体如你所说。我观察到的最明显的区别是标题和分隔图块的边界。瓷砖尺寸似乎更大，但在 geom_tile() 中改变尺寸似乎并没有“折叠”轴。但大多数情况下，我希望有一种比单独修改 ggplot 更简单的方法（可能是一个主题？另一个包？）。

【参考方案1】：

这是一个稍微清理过的版本。我使用 facet_grid 而不是 facet_wrap 来组合 y 刻度。选择了一个精心策划的色标。删除了不必要的轴标签。将color 添加到geom_tile 以制作线条。使用了更简约的主题。更改了绘图窗口的大小，使其更紧凑（这只是用鼠标调整窗口的大小 - 如果您保存绘图，您可以指定您想要的任何尺寸）。

ggplot(testdat, aes(q,reader,fill=value,label=q)) +
  geom_tile(color = "gray60") +
  facet_grid(~case) +
  scale_fill_brewer(type = "seq", palette = "RdYlGn", direction = -1) +
  scale_y_discrete(limits=rev) + 
  scale_x_discrete(position = "top") + 
  ggthemes::theme_clean() + 
  theme(strip.placement = "outside") +
  labs(x = "", y = "")

【讨论】：

看起来很棒，尤其是您选择的主题使其看起来更接近 sgplot 输出。在你的上面添加 + theme(strip.placement = "outside") 让它看起来非常可取。

theme_minimal() 看起来也不错。