FactoExtra 包中函数 fviz_pca 中点形状的自定义

Posted 2023-02-16

【中文标题】FactoExtra 包中函数 fviz_pca 中点形状的自定义

【英文标题】：Customization of pointshape within function fviz_pca from FactoExtra package

【发布时间】：2018-10-31 03:28:57

【问题描述】：

我一直在努力更改来自 R 包 FactoExtra 的函数 fviz_pca 中输出图中的默认点形状。

该图以我要自定义的点形状的特定顺序*显示。

*对应的形状分别是16,17,15,12,0,8

    fviz_pca_biplot(PCA, axes = c(1, 2), 
            label="var", col.var = "black", #setas
            geom = "point", pointsize = 2, col.ind=PCADF$groups, 
            addEllipses = TRUE, ellipse.level = 0.95,
            ellipse.type ="confidence", palette = "aaas") + theme_minimal()

我尝试添加到函数中：

  geom_point(aes(shape = c(19,20,21,22,23,24)))

它给我返回了一条错误消息：

geom[1] 中的错误：“环境”类型的对象不是子集

对在函数 fviz_pca 中管理和自定义点形状有何建议？

【参考方案1】：

我们可以像使用ggplot2 对象一样使用scale_shape_manual()：

library(factoextra)

data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)

fviz_pca_ind(res.pca,axes = c(1, 2), 
             label="var", col.var = "black", #setas
             geom = "point", pointsize = 2, col.ind=iris$Species, 
             addEllipses = TRUE, ellipse.level = 0.95,
             ellipse.type ="confidence", palette = "aaas") + theme_minimal()+
  scale_shape_manual(values=c(19,20,21))