ggplot2按y轴的比例排序分类堆积条

Posted 2023-02-16

【中文标题】ggplot2按y轴的比例排序分类堆积条

【英文标题】：ggplot2 order categorical stacked bars by proportions of y-axis

【发布时间】：2018-01-21 16:29:14

【问题描述】：

我有一个带有分类 x 轴的数据框，称为类别，y 轴是丰度，按序列着色。对于每个类别，我尝试按丰度对堆栈进行重新排序，以便轻松可视化哪个序列在底部具有最高比例，在顶部具有最低比例。

目前，我可以制作这样的条形图：

s<-"Sequence Abundance Category
CAGTG 0.8 A
CAGTG 0.2 B
CAGTG 0.6 C
CAGTG 0.3 D
CAGTG 0.1 E
GGGAC 0.1 A
GGGAC 0.1 B
GGGAC 0.3 C
GGGAC 0.6 D
GGGAC 0.1 E
CTTGA 0.1 A
CTTGA 0.7 B
CTTGA 0.1 C
CTTGA 0.1 D
CTTGA 0.8 E"

d<-read.delim(textConnection(s),header=T,sep=" ")

g = ggplot(d,aes(x = Category, y = Abundance, fill = Sequence)) + 
      geom_bar(position = "fill",stat = "identity")

我的数据和这个很相似：Ordering stacks by size in a ggplot2 stacked bar graph

但即使尝试重现此解决方案（按照答案中的步骤），它也不会按比例重新排序堆栈：

d$Sequence <- reorder(d$Sequence, d$Abundance)
d$Sequence <- factor(d$Sequence, levels=rev(levels(d$Sequence)))
ggplot(d, aes(x=Category, y=Abundance, fill=Sequence)) + 
  geom_bar(stat='identity') 

我找不到我正在寻找的示例。非常感谢您的帮助！

【问题讨论】：

这能回答你的问题吗？ Ordering stacks by size in a ggplot2 stacked bar graph

@tjebo 我不确定这是不是目标的副本。这篇文章要求对每个栏中的填充重新排序。相比之下，目标要求对所有条形的填充重新排序。

@IanCampbell 很公平。我认为将这些问题联系起来是值得的:)

【参考方案1】：

使用group 美学来控制堆叠条的顺序。

s <- "Sequence Abundance Category
CAGTG 0.8 A
CAGTG 0.2 B
CAGTG 0.6 C
CAGTG 0.3 D
CAGTG 0.1 E
GGGAC 0.1 A
GGGAC 0.1 B
GGGAC 0.3 C
GGGAC 0.6 D
GGGAC 0.1 E
CTTGA 0.1 A
CTTGA 0.7 B
CTTGA 0.1 C
CTTGA 0.1 D
CTTGA 0.8 E"  
d <- read.delim(textConnection(s), header=T, sep=" ")

# Add the "group" aesthetic to control the order of the stacked bars
g = ggplot(d,aes(x=Category, y=Abundance, fill=Sequence, group=Abundance)) + 
    geom_bar(position = "fill",stat = "identity")
g

【讨论】：

这很完美！非常感谢 Marco，我已经尝试了这么久，甚至认为这不可能了！