通过 PIP 使用 MKL 安装 Scipy

Posted 2023-02-24

【中文标题】通过 PIP 使用 MKL 安装 Scipy

【英文标题】：Install Scipy with MKL through PIP

【发布时间】：2014-03-26 07:57:30

【问题描述】：

我正在使用 PIP 安装带有 MKL 的 Scipy 以加速性能。我的操作系统是 Ubuntu 64 位。使用来自question 的解决方案，我创建了一个文件 .numpy-site.cfg

[mkl]
library_dirs=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1/mkl/lib/intel64/
include_dirs=/opt/intel/mkl/include/
mkl_libs=mkl_intel_lp64,mkl_intel_thread,mkl_core,mkl_rt
lapack_libs=

这个文件帮助我成功地使用 MKL 安装 Numpy。但是，使用上面相同的文件，安装Scipy会提示错误

ImportError: libmkl_rt.so: cannot open shared object file: No such file or directory

我也用

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1/mkl/lib/intel64

但问题还是一样。

有人知道如何解决这个问题吗？我不想手动安装 Scipy，所以有人给我一些提示来修复它。

【问题讨论】：

你试过export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2013_sp1/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH吗？

我以前试过这个选项。但是，错误仍然存​​在。我不知道如何修复它。

您必须使用library_dirs 和include_dirs 检查这些库是否实际存在于指定位置。可能有很多原因导致情况并非如此。最明显的是您安装了较旧/较新的 Intel Studio 版本，或者您将编译器和库安装到了非默认位置。

【参考方案1】：

问这个问题已经过去了 2 年。

现在有用于 linux 的 numpy/scipy ***，它们使用为 avx2 编译的 openblas，因此您无需构建包即可获得更好的性能。您可能需要升级 pip 才能安装***：

pip install --upgrade pip
pip install numpy scipy

如果你想要 MKL，那么你可以安装 Anaconda 或 Intel Distribution for Python。他们使用 conda 而不是 pip 来管理包，但它们是免费的，并且分发包含所有依赖项的包，包括 MKL。

【讨论】：

OP 正在使用的 Ubuntu 没有***。最好的选择是 Anaconda。

【参考方案2】：

由于没有回答实际问题本身，让我试一试......

我认为这里的问题基本上是正在使用的 BLAS/LAPACK 库分布在多个位置，而 numpy 不能很好地处理这个问题。

我们已经在 EasyBuild 中修复了这个问题，我们在英特尔 MKL 上构建 numpy/scipy 已经有一段时间了，使用这个补丁：https://github.com/hpcugent/easybuild-easyconfigs/blob/master/easybuild/easyconfigs/n/numpy/numpy-1.8.1-mkl.patch

【参考方案3】：

过去几周我一直面临这个问题： Windows 10 64 位 Python 3.5.2

我的解决方法：

第一：pip install wheel

下一步：从 Gholke 的仓库下载 Numpy 和 Scipy Numpy 和 SciPy

然后：

pip install numpy_package.whl

pip install scipy_package.whl

【参考方案4】：

如果您在安装或使用特定版本时遇到问题，请先卸载然后安装

第 1 步：

pip uninstall -v numpy

第二步：下载wheel文件并安装

pip install -U numpy-1.13.0+mkl-cp36-cp36m-win_amd64.whl

在此示例中，车轮文件名为“numpy-1.13.0+mkl-cp36-cp36m-win_amd64.whl "

【讨论】：

请告诉我你做了什么？您是否按照我建议的步骤进行操作？

对不起。这么长的时间。我不再使用此服务器，因此无法应用您的解决方案。

OP 明确表示 Ubuntu。

【参考方案5】：

我有 Win10 64Bit 和 Python 3.6.2 我已经通过 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scipy 安装了 scipy

我遵循以下步骤：

第 1 步：如果您有任何以前版本的 numpy，请卸载， pip 卸载 numpy 第 2 步：下载 numpy‑1.13.1+mkl‑cp36‑cp36m‑win_amd64.whl MKL（数学内核库）来自下面的链接， http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#numpy 步骤 3：将下载的文件复制到另一个位置并启动命令 从该位置提示。 第 4 步：运行此命令， pip install -U numpy-1.13.1+mkl-cp36-cp36m-win_amd64.whl 第 5 步：现在从以下位置下载 scipy 库， http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#scipy 第 6 步：将下载的文件复制到与 numpy 相同的位置 复制。 第 7 步：在 CMD 提示符下运行此 cmd， pip install scipy-0.19.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl

完成！

【讨论】：

适用于 Windows。老兄。

非常感谢好友，出色的回答和出色的代表。

【参考方案6】：

对我来说，MKL 是由conda install scipy 提供的 Scipy 库

@rscohn2 解决方案给了我使用包的提示。

作为参考，我的环境包括 Ubuntu、Anaconda、Python 3.6、Scipy 1.1 和 MKL 2018.0。

【参考方案7】：

英特尔一直在向 PyPI 发布 Numpy、Scipy 和 Scikit-learn 等软件包的***。这些***是在链接英特尔 MKL 时构建的，并包含各种优化。

如果您想使用英特尔 MKL 构建 Scipy：

#Remove existing Numpy and/or Scipy:
pip uninstall numpy scipy -y
#Install scipy built with Intel MKL:
pip install intel-scipy

More information available here

【讨论】：

自 2019 年 3 月起，这不适用于 Python 3.7。 Pip 在存储库中找不到“intel-scipy”。

我有 python 3.6.9 并且它有效。您可能还需要获取 llibpython。 apt install libpython3.6。我使用numpy.show_config()

验证了我在 python 中的安装