Knitr 无法编译 PDF：“工具错误::file_path_as_absolute(output_file)”

Posted 2023-02-24

【中文标题】Knitr 无法编译 PDF：“工具错误::file_path_as_absolute(output_file)”

【英文标题】：Knitr wont compile PDF: "Error in tools::file_path_as_absolute(output_file)"

【发布时间】：2018-06-21 19:00:34

【问题描述】：

我在 Markdown 中创建了一个报告，并使用函数render() 将代码编译成 PDF。一个月前它运行良好，但是当我现在运行代码时，它给了我一个错误：

Latexmk：这是 Latexmk，John Collins，2016 年 4 月 22 日，版本：4.45。 创建的输出：output/Medborgerskabstabeller99.pdf

工具错误::file_path_as_absolute(output_file)： 文件“输出/Medborgerskabstabeller99.pdf”不存在

我用来创建 PDF 的渲染命令如下所示：

outfile <- file.path("output",paste0("Medborgerskabstabeller99"))
render(input = "Medborgerskabstabeller.Rmd",
       encoding = "UTF-8",
       output_file = paste0(outfile,".pdf"))

首先，代码运行时没有出现之前的“Latexmk”-消息。

其次，我不知道为什么它说“Medborgerskabstabeller99.pdf”不存在，而上面说它只是创建了文件。

任何关于该问题的建议将不胜感激！

【问题讨论】：

Latexmk 消息不是问题。您的output/ 目录是否存在并且您可以打开pdf 文件吗？

感谢您的评论@Phil！当我输入dir.exists("output") R 返回TRUE，所以我猜我的输出/目录确实存在。同时我发现render() 确实会创建一个PDF 文件，如果我删除output_file= 参数。它解决了我的问题，但我仍然不知道之前出了什么问题。

很高兴你把它整理好了。

【参考方案1】：

似乎更好的解决方案是使用 tinytex。

install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()

如果您必须使用 MikTex 并且已经安装，请打开 MikTex 控制台并将缺少的包设置更改为：

Always install missing packages on the fly

如果您还没有安装 MikTex，那么在安装时请务必选择：

Install missing packages: Yes

最初安装时我选择了Ask me first，但它会失败。我已经尝试过更改 MikTex 的设置，也尝试将其卸载，然后选择更轻量级的 tinytex 来满足我的需求。

底部附近有解决方案的原始线程： https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/1285

【讨论】：

允许 miktex 即时安装软件包有帮助。请注意，如果通过互联网连接互联网，请确保在 miktex package manager(admin) 中设置代理

更多直接链接到我认为的near the bottom。

【参考方案2】：

我有类似的问题。在网上搜索后，在community r studio找到了解决办法

貌似这个bug和1.9版本的rmarkdown有关，所以解决方法是回到1.8版本

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_version("rmarkdown",version=1.8)

重新安装后，当您再次尝试编织时，可能会要求您安装一些来自 Miktex 的软件包。如果您有任何问题，请检查是否有合适的镜子。希望这会有所帮助。

【讨论】：

我遇到了同样的问题，@Juan 的解决方案似乎已经解决了。

仅供参考，此解决方案仍然有效，而 1.10.2 版则不行。

伙计，我在用工作中的电脑为老板做报告时遇到了很多问题，这完全解决了。天哪，我感激不尽。

我遇到了同样的问题，按照您上面提供的说明，并在回滚到 'rmarkdown' v1.8 后安装了另外 10 个与 TeX 相关的包。现在效果非常好 - 非常感谢！

【参考方案3】：

与此同时，该问题似乎已在开发版1.10.11中得到修复：

devtools::install_github('rstudio/rmarkdown')

【讨论】：

我试过这个方案，包升级到1.10.2，还是不行。而@jaySf 的解决方案通过降级到 1.8 来工作。

@HappyCoding 你说对了一半。我只好自己再做一次。起初它确实不适用于当前的 rmarkdown 版本 1.10.11。然后我尝试了 juan-acosta 的降级解决方案到 1.8 版。在 PDF 编译过程的开始，MiKTeX 获取了必要的乳胶包，显然当前版本没有管理。然后我更新回最新的 rmarkdown 版本（1.10.11）并且它工作正常。关于Github 的讨论正在进行中，可能会对这个问题有所了解。

【参考方案4】：

只是对输出问题的评论，因为我也遇到了这个问题： outfile 必须是绝对路径。我认为dir.exists() 在本地工作目录中查找。在前面使用".\\" 对我有帮助。在您的情况下，它将使用paste0(".\\",outfile,".pdf")。

【参考方案5】：

如果使用 MikTex，您可能会遗漏一些软件包（安装了基本的 Miktex 软件包）。只需编译您的 tex 文件以找出丢失的包（编译错误）并安装它们。然后编织你的 rmd 文档，它应该可以工作了。