如何将函数应用于图形/网络中的每个连接组件？

Posted 2023-02-24

【中文标题】如何将函数应用于图形/网络中的每个连接组件？

【英文标题】：How do I apply a function to each connected components within a graph/network?

【发布时间】：2011-05-04 20:36:05

【问题描述】：

我有一个包含 70,000 多个顶点（节点）和 200,000 多个边（连接）的大型 igraph 对象。我想计算一些中心性度​​量，但网络太大。我认为一个好的解决方法是将我的网络分成连接的组件（即使最大的也不是太大）。

我正在考虑使用 igraph 函数clusters 或相关方法。然后我可以计算集群上的 alpha.centrality() 和 bonpow() 吗？然后将结果合并回原始 igraph 对象？ （或具有所有顶点的数据框）

我不确定最好的方法，我很想听听人们的任何想法。非常感谢:)

【问题讨论】：

如果不完全了解您的结构，这很难说，但如果每个节点都是 list() 中的一个元素，您可以使用 llply() 并暂时离开计算机 :)

@Brandon 你的意思是每个 italic_connected component_italic 都是列表中的一个元素吗？由于我所指的函数需要在每个节点所属的最大连接组件上计算。

【参考方案1】：

您可以使用 igraph 中的 decompose.graph 函数来获取连接组件的列表，然后使用 lapply 在每个组件上运行您的函数（alpha.centrality 或 bonpow）。运行 decompose.graph 后，您可能需要释放原始图形以重新占用一些内存。

【讨论】：

@Michael 如果您的机器上有一些备用内核或访问具有多个内核的机器，可能需要考虑使用 SNOW 包中的 parLapply 来加快速度。