在 R 中创建切片树

Posted 2023-02-23

【中文标题】在 R 中创建切片树

【英文标题】：Creating a slicing tree in R

【发布时间】：2013-03-17 12:12:40

【问题描述】：

有谁知道R中是否有一个包或简单的方法来创建以下形式的树结构：

我不是在寻找一种方法来创建像上面这样的好情节。我最大的问题是找到一种方法来处理这样一棵树，其中节点、叶子和子节点之间有明显的区别。例如，我希望能够通过调整字符串或向量来切换两个叶子。所以我猜这主要是一个“数据存储”问题。

我一直在寻找很长一段时间，偶然发现了一个名为“Dendrogram”的包。这个包的问题是（据我所知）它不允许标记内部节点，例如“H”和“V”。只有最后的叶子可以携带一个值或字符串。

我发现的另一个包是“rpart”，但我认为它们只对回归树有用。

如果有人知道，我将不胜感激！

【问题讨论】：

您好，我应该补充一点，由于您是新来的，您可能想阅读the about 和faq 了解 SO 的工作原理。如果当您收到解决问题的答案时，通过单击小复选标记接受它，*** 对每个人都更有价值。您绝对没有义务这样做，但如果答案确实解决了您的问题，这是“回馈”网站的好方法

【参考方案1】：

如果你有一个边缘列表，你可以用 igraph 做一些非常相似的事情：

el <- matrix( c( "H" , "V" , "H" , "V2" , "V" , "1" , "V" , "V3" , "V3" , "3" , "V3" , "4" , "V2" , "2" , "V2" , "H2" ) , ncol = 2 , byrow = TRUE )
g <- graph.edgelist(el , directed = TRUE )
V(g)$label <- get.vertex.attribute(g, 'name')
plot(g,layout=layout.reingold.tilford)

您还可以将el 命令中的节点命名为字母，然后使用get.vertex.attribute(g, 'name') 查看生成的节点的名称，然后传递您喜欢的任何字符向量以获取图片中的标签.

【讨论】：

你能上传到网上并粘贴你得到的链接吗？ （我意识到你还没有代表包括图片）。尝试使用imgur.com。您是否收到任何错误消息？您能否也将sessionInfo() 的输出粘贴到您问题中的代码块中，然后我们可以尝试找出它不同的原因。

感谢您的快速回复，这看起来很有希望！我有一个问题。当我简单地复制您在上面提供的代码时，R 会创建一个看起来完全不同的图表。设置属性directed = FALSE 稍微改进了图形，但仍然有很大不同：s22.postimg.org/uwzzrggj5/Trees.png 根据 igraph 站点，Reingold Tilford 布局应该可以解决问题，但由于某种原因，它不是从上到下创建图形正确的方法。

SessionInfo() 给出以下输出：R 版本 2.13.2 (2011-09-30) 平台：x86_64-pc-mingw32/x64（64 位）语言环境：[1] LC_COLLATE=Dutch_Netherlands .1252 LC_CTYPE=Dutch_Netherlands.1252 [3] LC_MONETARY=Dutch_Netherlands.1252 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Dutch_Netherlands.1252 附加基础包：[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base 其他附加包：[1] igraph_0.6.5 -1

@user2215428 我使用的是旧版本的igraph。当我更新时，我遇到了和你一样的问题。似乎 pacakge 作者更新了您需要的方法。使用graph.edgelist 而不是graph.data.frame。顺便说一句，在 cmets 中包含代码（或内联而不是在代码块中）用反引号包围代码`所以被反引号包围的 mean() 将变为 mean()

从源代码安装失败，但我设法找到了一个旧的二进制包，现在我可以创建与上面相同的图表！非常感谢您的所有帮助:-)。

【参考方案2】：

是的，rpart 可能不适合您的需要。试试phylobase 包。

如果您的树可以从文件中读取，那么您可能会使用某种 XML 树解析器，例如 this。