将命令的输出存储在变量中[重复]

Posted 2023-02-23

【中文标题】将命令的输出存储在变量中[重复]

【英文标题】：Storing output of command in a variable [duplicate]

【发布时间】：2015-03-10 03:44:29

【问题描述】：

我正在使用 Python 脚本中的 call() 函数来执行来自外部软件的命令。我想将函数的输出存储到一个变量中并使用该变量。但是，输出值根本没有存储到变量中。 当我给出打印变量的命令时，它会打印 0 这是默认值。代码是：

from subprocess inport call
print "\n Summarizing mutations"
summary_mutation = call(["halSummarizeMutations", hal_output])
print summary_mutation

hal_output 是给命令 halSummarizeMutations 的输入文件。我得到的输出是：

GenomeName, ParentName, BranchLength, GenomeLength, ParentLength, Subtitutions, Transitions, Transversions, Matches, GapInsertions, GapInsertedBases, GapDeletions, GapDeletedBases, Insertions, InsertionBases, Deletions, DeletionBases, Inversions, InvertedBases, Duplications, DuplicatedBases, Transpositions, TranspositionBases, Other
ancestral_sequences, homo_sapiens, 1, 225206, 248956422, 149218, 49494, 99724, 49433, 10, 698, 0, 0, 17, 20539, 10, 4345, 1343, 134907, 672, 57699, 0, 0, 0
gorilla_gorilla, homo_sapiens, 1, 229507203, 248956422, 44226, 13434, 26644, 15224, 68, 593, 120, 6319, 15, 229443572, 6, 857, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10
papio_anubis, homo_sapiens, 1, 220367699, 248956422, 98187, 32113, 64759, 32284, 6, 1418, 11, 245, 36, 220231921, 30, 7448, 791, 109496, 0, 0, 0, 0, 0
Total, ,3, 450100108, 746869266, 291631, 95041, 191127, 96941, 84, 2709, 131, 6564, 68, 449696032, 46, 12650, 2134, 244403, 672, 57699, 0, 0, 0
Average, ,1, 150033369, 248956422, 97210, 31680, 63709, 32313, 28, 903, 43, 2188, 22, 149898677, 15, 4216, 711, 81467, 224, 19233, 0, 0, 0

0

其中 0 是 summary_mutation 变量的值。请帮帮我。提前致谢。

【问题讨论】：

call 方法是来自subprocess 模块的方法吗（即from subprocess import call 是否出现在您的代码中）？签名看起来像，但我想确认一下。

是的，它来自子进程模块，我已经完成了导入命令，但没有在这里显示。对不起！

【参考方案1】：

假设您正在使用subprocess 模块，如果您想与输出交互，最好使用Popen 对象。

from subprocess import Popen, PIPE

proc = Popen(["halSummarizeMutations", hal_output], stdout=PIPE)
summary_mutation = proc.communicate()[0]

现在summary_mutation 应该是子进程的标准输出流内容的字符串表示形式。

【讨论】：

@VarshithChakrapani 如果有帮助我很高兴。如果您还没有看过它，Python 2.x subprocess 模块的文档在此链接 (docs.python.org/2/library/subprocess.html) 上。

@VarshithChakrapani：你也可以使用summary_mutation = subprocess.check_output(["halSummarizeMutations", hal_output])