如何覆盖包命名空间中的不可见函数？

Posted 2023-02-23

【中文标题】如何覆盖包命名空间中的不可见函数？

【英文标题】：How do I override a non-visible function in the package namespace?

【发布时间】：2012-02-03 07:54:57

【问题描述】：

我基本上想更改一个包的不可见功能。对于可见函数，即在调用 methods 时没有星号的函数，我发现了两篇文章如何实现我的目标：

使用assignInNamespace：见R-help上的帖子。 使用fix：见***上的帖子

虽然这两种方法都适用于导出/可见的函数（我使用predict.lm 作为下面的第二个方法的示例，并使用函数subset.data.frame 测试了第一种方法），但它们不适用于不可见的函数函数，例如predict.ar。这是为什么？有解决办法吗？

这是一个最小的例子：

显示 predict.lm 可见，predict.ar 不可见：

methods(predict)
 [1] predict.Arima*             predict.HoltWinters*       predict.StructTS*         
 [4] predict.ar*                predict.arima0*            predict.glm               
 [7] predict.lm                 predict.loess*             predict.mlm               
[10] predict.nls*               predict.poly               predict.ppr*              
[13] predict.prcomp*            predict.princomp*          predict.smooth.spline*    
[16] predict.smooth.spline.fit*

申请predict.lm:

x <- rnorm(5)
y <- x + rnorm(5)
predict(lm(y ~ x))
#          1          2          3          4          5 
#  1.0783047  1.5288031  0.3268405  0.8373520 -0.9833746

通过输入 cat("First line changed for predict.lm\n") 更改 predict.lm 在函数体的开头。 （您必须在编辑器中手动执行此操作）：

fix(predict.lm)
predict(lm(y ~ x))
# First line changed for predict.lm
#          1          2          3          4          5 
#  1.0783047  1.5288031  0.3268405  0.8373520 -0.983374

申请predict.ar:

sunspot.ar <- ar(sunspot.year)
predict(sunspot.ar, n.ahead=25)
# $pred
# Time Series:
# Start = 1989 
# End = 2013 

尝试更改predict.ar：

fix(predict.ar) #Here, an empty function body appears for me
fix("stats:::predict.ar") #Here as well
fix(stats:::predict.ar)
#Error in fix(stats:::predict.ar) : 'fix' requires a name

尝试改用assignInNamespace。 （注意，我只是在编辑器中复制了函数stats:::predict.ar，并在函数体的开头添加了cat("First line changed for predict.ar\n")这一行。由于函数体很长，这里只显示前几行）

mypredict <- function (object, newdata, n.ahead = 1, se.fit = TRUE, ...) 

    cat("First line changed for predict.ar\n")
    if (n.ahead < 1) 
        stop("'n.ahead' must be at least 1")
    #Rest of body of stats:::predict.ar

assignInNamespace("predict.ar", mypredict, ns="stats")
predict(sunspot.ar, n.ahead=25)
# First line changed for predict.ar
# Error in predict.ar(sunspot.ar, n.ahead = 25) : 
#   object 'C_artoma' not found

由于“First line changed for predict.ar”实际打印到控制台，因此 predict.ar 必须已更改。但是，为什么找不到对象“C_artoma”？

更新：好的，这太尴尬了，但我不能再删除那个帖子了：答案已经在我提供的链接中，最后是 Richie Cotton 的答案。很抱歉浪费您的时间！我想我检查了一切，然后我看不到明显的东西。有人可以将其发布为答案，我接受它。再次抱歉。

fixInNamespace(predict.ar, pos="package:stats")

【问题讨论】：

嘿，这个变化是永久性的吗？当我再次启动 R 并加载包时，更改会持续存在吗？对于 R6 类有没有办法，我正在寻找一种方法来修改包中定义的 R6 类。

【参考方案1】：

使用fixInNamespace。 :)

fixInNamespace("predict.ar", "stats")

或

fixInNamespace("predict.ar", pos="package:stats")

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（几年后...） 来自 Nicholas H 的评论：如果你想将一些依赖于另一个包的内部函数的代码推送到 CRAN，它将引发构建警告并被 R-core 拒绝。如果你想要那个内部函数，你应该使用::: 操作符复制它并自己维护它。

predict.ar <- stats:::predict.ar

【讨论】：

好吧，我很生气自己没有在发布之前再次准确检查每个链接（*** 确实需要一个预览选项和对自己投反对票的选项......），但你实际上是一个给出正确答案的人让我很开心。所以谢谢你！

@Christoph_J 我提供了一项收费的投票服务。如果你有兴趣... :)

好吧，我不会投票结束，因为这教会了我一些东西，而且@Richie Cotton 比我更了解 R。

@Dason，我最初的问题已经很老了。我发布了一个包（www.ggtern.com），它需要修补一些 ggplot2 函数以允许额外的维度和许多新的主题元素。对于一个非常具体的情况，即绘制三元图，我的包实际上是 ggplot2 的“扩展”。长话短说，assignInNamespace(...) 不能以任何方式使用。以下是关于我最终所做的一些附加信息：groups.google.com/forum/#!topic/ggplot2/SZX-SF9UCRo

出于某种原因，这似乎不适用于降价文档的上下文。 assignInNamespace() 确实做到了，尽管我确实必须使用 environment:::function() 表示法链接所有隐藏函数（在我想要替换的新版本函数中），并且有效。