将 numpy 数组转换为 4D nifti 文件

Posted 2023-02-14

【中文标题】将 numpy 数组转换为 4D nifti 文件

【英文标题】：convert numpy array to 4D nifti file

【发布时间】：2022-01-20 16:33:21

【问题描述】：

我正在 python 上进行单体素模拟，以生成带有附加噪声的模拟信号。然后，我想将生成的具有以下形状 (100, 100) 的 numpy 数组转换为 nifti 文件。

行表示在不同噪声和张量旋转条件下的一个模拟信号。每列代表在使用特定采样方案（100 个不同方向）测量时，在这些条件下该体素对应的信号强度。

[DWI 数组]

我要将这个矩阵保存到一个 nifti 文件中，格式如下（10、10、1、100）。

[想要的形状]

我不知道如何将 numpy 数组 (DWIs.shape = (100,100)) 正确分配为我想要的格式 (10, 10, 1, 100)：

data[…, ] = ?
 
converted_array = np.array(data, dtype=np.float32)
nifti_file = nib.Nifti1Image(converted_array, affine=np.eye(4))
nib.save(nifti_file, os.path.join(path_to_save, 'snr'.format(snr), 'full/dwi_sims_snr.nii.gz'.format(snr)))

【参考方案1】：

在 NumPy 中，您不需要“分配”数据数组。

假设您有一个 100x100 converted_array。那是

>>> converted_array.shape
(100,100)
>>> converted_array[0]
[146.4, 72.9, ..., 174.9]

那么你可以reshape这个数组为

>>> nifti_array = converted_array.reshape((10,10,1,100))
>>> nifti_array[0][0][0]
[146.4, 72.9, ..., 174.9]