用于大弦的 Burrow Wheeler 实现

Posted 2023-02-22

【中文标题】用于大弦的 Burrow Wheeler 实现

【英文标题】：Burrow wheeler implementation for large strings

【发布时间】：2012-12-07 04:46:39

【问题描述】：

我尝试在 burrow Wheelers 循环字符串数组中旋转一个非常大的字符串。

但是我的输入大约是 200000 个字符，当输入这么大时，由于堆空间不足，我无法运行代码。

我的教授说实现它的唯一方法是线性内存占用。我不知道这是什么意思。

我能知道还有什么其他方法可以创建一个循环字符串，它是内存高效的，并且可以在不耗尽内存的情况下使用它

【问题讨论】：

当字符串太大时，您可以： 1. 在外部执行操作（将移位存储到文件中并在内存中读取块）。这涉及相当混乱的 I/O。 2.如果你是Java/C#，可以增加堆空间，默认不是很多。

【参考方案1】：

减少内存使用的技巧是创建一个循环后缀数组，在平均情况下，可以在与n lg n 成正比的时间（并且内存与n 成正比）使用考虑每个字符的快速排序变体来完成单独在字符串中（又名 3 路字符串快速排序；它在概念上类似于基数排序）。

即使占用太多内存，您也需要限制 burrows-wheeler 变换以对固定大小的块进行操作（对 X 个字符执行编码，然后是下一个 X 个字符，等等，直到您对整个字符串进行编码，反转解码过程）。