R：foreach 循环如何找到应该调用的函数？

Posted 2023-02-22

【中文标题】R：foreach 循环如何找到应该调用的函数？

【英文标题】：R: how does a foreach loop find a function that should be invoked?

【发布时间】：2013-06-25 01:54:50

【问题描述】：

我在使用调用自定义函数的 foreach 循环（使用 %dopar%）时遇到问题。使用Linux时确实没有问题，但是使用Windows时却找不到自定义函数。这个问题很难用语言来解释，所以我写了一个小例子来展示它。假设我有一个包含三个简单函数的集合，其中FUN2（使用%do%）和FUN3（使用%dopar%）调用第一个函数（FUN）：

FUN <- function(x,y,z)  x + y + z 
FUN2 <- function(a, b) 
  foreach(i=1:3) %do% FUN(i, a, b)

FUN3 <- function(a, b) 
  foreach(i=1:3) %dopar% FUN(i, a, b)

函数存储在名为foreach_testfunctions.R 的脚本中。在另一个脚本 (foreach.test) 中，我获取了这些函数，使用 library(doParallel) 并尝试使用这些函数。首先我用 Linux 做，一切正常：

source("foreach_testfunctions.R")
a <- 2
b <- 3
library(doParallel)
registerDoParallel()

foreach(i=1:3) %do% FUN(i, a, b)    ## works fine
FUN2(a, b)                          ## works fine
foreach(i=1:3) %dopar% FUN(i, a, b) ## works fine
FUN3(a, b)                          ## works fine 

然后我在 Windows 中做：

source("foreach_testfunctions.R")
a <- 2
b <- 3
library(doParallel)
cl <- makeCluster(3)
registerDoParallel(cl)

foreach(i=1:3) %do% FUN(i, a, b)    ## works fine
FUN2(a, b)                          ## works fine
foreach(i=1:3) %dopar% FUN(i, a, b) ## works fine
FUN3(a, b)                          ## does not work
Error in FUN(i, a, b) : task 1 failed - "Could not find function "FUN""

结论：（1）%do%没有问题。 (2)%dopar%在使用Windows时的问题。我尝试在调用FUN3 的行之前插入行clusterExport(cl, varlist=c("FUN", "a", "b"), env=environment()) 以确保在正确的环境中找到函数FUN 和变量a 和b，但错误仍然存​​在。

我的问题：尽管代码相同（除了 registerDoParallel 语法不同），为什么 Windows 的行为与 Linux 不同？当通过函数 FUN3 调用时，如何确保 Windows 确实 找到函数 FUN？

【参考方案1】：

在您的clusterExport 调用中，删除env=environment() 部分。你正在做的是告诉clusterExport 在一个全新的环境中寻找你的对象，所以它自然不会找到它们。

【参考方案2】：

它们的行为不同，因为registerDoParallel 在 Linux 上注册了 mclapply 后端，而在 Windows 上注册了 clusterApplyLB 后端。当使用mclapply 后端时，基本上没有数据导出问题，因此它可以在 Linux 上运行。但是使用clusterApplyLB，如果foreach 不能自动导出所需的函数和数据，您可能会遇到问题。

您可以通过.export 选项将FUN3 修改为导出FUN 来解决此问题：

FUN3 <- function(a, b) 
  foreach(i=1:3, .export='FUN') %dopar% FUN(i, a, b)

此解决方案适用于 Linux 和 Windows，因为 .export 被 mclapply 后端忽略。

正如 Hong Ooi 所指出的，您在使用 clusterExport 时有错误，但我不会使用 clusterExport 来解决问题，因为它是特定于后端的。

【讨论】：

+1 不错的答案。如果FUN 以前没有被采购怎么办？ （即工作环境中不存在）？是否可以通过导出相应的 R 文件使其在 foreach 中可用？ （例如，.export="path/to/FUN.R"）。换句话说，.export 是否适用于除 R 对象之外的文件？

@Steve Weston 的原因是，在我的情况下，每个工作人员都需要写入 .txt 文件，调用将文件作为输入的可执行文件，然后读回 .exe 的输出（这是另一个.txt 文件）。我想知道.export 是否可以将.exe 文件提供（复制）到每个工人的临时工作目录

@Antoine 不，您只能使用 foreach .export 参数指定一个或多个变量的名称。除此之外，我通常在使用 doParallel 时使用特定于后端的方法来初始化工作程序，例如 clusterExport 或 clusterEvalQ。