将文本文件中的单个字符存储到向量 C++ 中时的 std::bad_alloc

Posted 2023-02-21

【中文标题】将文本文件中的单个字符存储到向量 C++ 中时的 std::bad_alloc

【英文标题】：std::bad_alloc when storing single characters from a text file into a vector C++

【发布时间】：2018-04-16 04:46:28

【问题描述】：

所以我的目标是从文件中读取和存储单个字符（它们是基因组序列）。这些文件非常大，基本上看起来像这样：

>gi|188033402|emb|CU859091.1| A BAC library has been constructed from PN40024...
AGCTCCTTTTTAAAACAACATTCAAGAAATTGGAGTTTGGCATTTTTACAAAGAGCATATTCAGCTCTGG
GAAGTATTTCTTGAGCAAAGAGGAGCGAAAATAGATCCTAAATGTTCCCCAGATTTTCCCCAGATTCCAA

以“ >”字符开头的行可以完全忽略。所以基本上我只想要“AGCTCCTTTTTA...”部分。

我的代码适用于较小的文件，但在处理较大的文件时会崩溃。我试图弄清楚这里的内存问题是什么以及如何解决它。我运行文件时遇到的错误是：

terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
   what(): std::bad_alloc
Aborted (core dumped)

这是我读取单个字符并将它们存储到向量中的简化代码：

int main(int argc, char * argv[])

   ifstream file (argv[1]);

   vector<char> sequenceA; // to store the single characters
   string line; // to grab lines from the file
   char c; // to grab the single character from the file

   // go through the file
   while(getline(file,line))
   
      //store the line
      stringstream stream(line);

      // go through and grab each single character in the line
      while(stream.get(c))
      
         if(c == '>')
         
            // break and continue to the next line
            break;
         
         else
         
            // add the character to the list
            sequenceA.push_back(c);
         
      
   

我正在查看 *** 上的其他“std::bad_alloc”帖子，但似乎找不到可以帮助我解决问题的帖子，因此非常感谢您的帮助！如果你不知道，我对编程还是很陌生，很感激你的解释。

非常感谢！

【问题讨论】：

你从来没有提到这些文件有多大。

在例外之前你能获得多大的规模是否有任何押韵或理由？优化：通过一些工作，您可以将if(c == '>') 拉出while 循环。 if (line.size() && line[0] != '>') /* stringstream etc... */ 之类的东西就在 while(getline(file,line) 之后。

@PaulMcKenzie 对此感到抱歉！不幸的是，我不知道文件的确切大小......我所知道的是，如果您尝试将它们打印到控制台，您将等待几分钟才能完成。内存足够大，似乎是个问题。抱歉，我不能给你更多细节。

@user4581301 感谢您的优化提示！我会尝试清理我的代码。另外，我不确定在异常之前我有多大……有没有办法让我找出来？ （对不起，如果这是一个愚蠢的问题，我正在努力哈哈......）

只需增加一个计数器并用try / catch 包围您的代码。当catch 出现时，检查计数器。

【参考方案1】：

这意味着程序最终会要求一个足够大的连续内存块，系统无法提供它。

如果你坚持你的方法，一个快速的解决方法可能是使用deque而不是vector。