knitr中如何设置中间目录的位置？

Posted 2023-02-14

【中文标题】knitr中如何设置中间目录的位置？

【英文标题】：How to set the location of the intermediate directory in knitr?

【发布时间】：2022-01-19 10:52:56

【问题描述】：

我通过output_dir 将Rmd 渲染的输出重定向到另一个文件夹。这会在 输出目录 中创建中间文件夹 <input name>_files，但我不想让 _files 文件夹在那里。理想情况下，我不想一开始就拥有它，但阅读Chapter 16.5 in the RMarkdown Cookbok 这是一个功能，而不是一个错误，即一旦我们有一个带有cache = TRUE 的块，中间文件夹_files 就不会因为自包含文件而被删除.

我尝试通过intermediates_dir 设置中间文件夹，但无济于事，_files 文件夹将始终在输出文件夹中。

我能做什么

没有这个文件夹（没有设置cache = FALSE）？ 如果这不可行，至少将_files 文件夹移动到另一个地方？

代表

创建一个RStudio项目，并在项目根目录下创建文件夹tmp和docs。

按knit 按钮或按Ctrl+Shift+K 获取以下名为test.Rmd 的文件：

---
title: "Test"
knit: (function(inputFile, encoding) 
   rmarkdown::render(inputFile, encoding = encoding, 
                     intermediates_dir = here::here("tmp"),
                     output_dir = here::here("docs"))
   )
---

```r setup, include = FALSE
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

```r cars, cache = TRUE
summary(cars)
```

## Including Plots

```r pressure, echo = FALSE
plot(pressure)
```

您现在将看到文件夹test_files 出现在docs 下，而不是tmp 下

【问题讨论】：

我们可以另辟蹊径。 1. 输出 .pdf 文件 + 2. 包含图像等的文件夹 + 3. 包含图像和 md 文件的 inter 文件夹。如果您对此答案感兴趣，我可以添加。

@manro 绝对是。我正在输出到 html，但他不应该是一个破坏者，对吧？

我想，不。稍后我会尝试。并添加答案。

【参考方案1】：

这是你的例子：

---
title: "Test"

---

```r setup, include = FALSE
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

```r cars, cache = TRUE
summary(cars)
```

## Including Plots

```r pressure, cache = TRUE
plot(pressure)
```

我通过控制台渲染，更容易实验:)

library (rmarkdown)

render(input = "our_file.Rmd",
       output_file = "our_file.html", #we should add an extention of the first output_format or this file will be rewritten
       output_format = c("html_document", "pdf_document"),
       intermediates_dir = "tmp",
       clean = FALSE
)

我们将在工作目录中实现什么：

两个输出文件； 带有 .md 文件的 tmp 文件夹和两个带有内容的文件夹（html/pdf）； 具有缓存和内容的文件夹。

---

补充：

我想，我们可以删除文件夹文件：

unlink("folder_files", recursive = TRUE)

...我们可以。

但是这个包不是每次都创建（可能只在第一个过程中？？？），我们的编织过程就会失败。

我试图找出，哪里出了问题。

如果你打开.md文件，你会看到：

![](C:/MyFolder/folder_files/figure-latex/pressure-1.pdf)<!-- --> 

...是的，它从该文件夹或 output_dir 中获取内容...

如何重定向到tmp或其他文件夹，我不知道。

【讨论】：

是的，但我想要的是没有创建内容文件夹。或者至少不在输出目录中创建。

@thothal 查看补充