如何仅使用 numpy 从距离矩阵中提取数据点？

Posted 2023-02-18

【中文标题】如何仅使用 numpy 从距离矩阵中提取数据点？

【英文标题】：How to extract data points from the distance matrix using numpy only?

【发布时间】：2021-12-16 02:02:53

【问题描述】：

我有 2 组数据点：

A：mx10

B：nx10

A和B中数据点的距离矩阵D：mxn

如何使用距离矩阵 D 提取 A 的 k 行，其中它们与 B 中数据点的距离最小？矩阵的大小应为 nxk。我不想循环遍历矩阵的每一列和每一行，所以我对只使用矩阵的方法感兴趣。

D = np.distance_matrix(A, B)

【参考方案1】：

假设已经给出了完整的数组 D 并且“到 B 的距离”表示“到 B 中所有元素的所有距离中的最小者>"，那么它应该是这样的

d = D.min(axis=1)  # m-long vector of distances from points in A to B
ord = d.argsort()  # an array of indices in d sorted by the corresponding values
kD = d[ord[:k],:]  # take first k elements

如果k 比m 小得多，这不是很有效，因为它对所有元素进行排序，而不是只查找kth。但它应该可以解决问题。