使用 gratia::draw() 函数在 R 中创建一个可编辑的局部效应图，该函数也有一个 rugplot

Posted 2023-05-07

【中文标题】使用 gratia::draw() 函数在 R 中创建一个可编辑的局部效应图，该函数也有一个 rugplot

【英文标题】：Creating an editable partial effect plot in R with the gratia::draw() function that also has a rugplot

【发布时间】：2022-01-09 05:54:24

【问题描述】：

我的问题大多已通过以下帖子得到解答：Cannot update/edit ggplot2 object exported from a package (`gratia`) in R。当我提到 mydraw.gam 函数时，它来自那篇文章中的代码。我想要做的是将 mydraw.gam 函数与一个看起来像 gratia::draw() 函数的 rugplot 一起使用。

这是我的数据：

dput(LMB.stack)
structure(list(X1 = c(0.0541887294548451, 0.0721473880136936, 
0.0175421164050594, 0.0215182766921787, 0.0440735967747106, 0.046669040060852, 
0.0526230550013067, 0.112833597945919, 0.063812034754301, 0.0940158338572872, 
0.0506721208894938, 0.0127474420783362, 0.0657879523145501, 0.0541887294548451, 
0.0721473880136936, 0.0175421164050594, 0.0215182766921787, 0.0440735967747106, 
0.046669040060852, 0.0526230550013067, 0.112833597945919, 0.063812034754301, 
0.0940158338572872, 0.0506721208894938, 0.0127474420783362, 0.0382272328188603, 
0.0541887294548451, 0.0721473880136936, 0.0175421164050594, 0.0215182766921787, 
0.0440735967747106, 0.046669040060852, 0.0526230550013067, 0.112833597945919, 
0.063812034754301, 0.0940158338572872, 0.0506721208894938, 0.0127474420783362, 
0.0657879523145501, 0.0382272328188603, 0.0541887294548451, 0.0721473880136936, 
0.0175421164050594, 0.0215182766921787, 0.0440735967747106, 0.046669040060852, 
0.0526230550013067, 0.0056727211129064, 0.063812034754301, 0.0940158338572872, 
0.106570293080958, 0.116604915677637, 0.0422424508991219, 0.109071218434758, 
0.0666150693773212, 0.108073813949563, 0.0394885672397296, 0.0688845434754768, 
0.0530021292114909, 0.106570293080958, 0.116604915677637, 0.0422424508991219, 
0.109071218434758, 0.0666150693773212, 0.108073813949563, 0.0411444155997384, 
0.0394885672397296, 0.0688845434754768, 0.0530021292114909, 0.106570293080958, 
0.116604915677637, 0.0422424508991219, 0.109071218434758, 0.0666150693773212, 
0.108073813949563, 0.0411444155997384, 0.0394885672397296, 0.0688845434754768, 
0.0530021292114909, 0.0578017962016202, 0.106570293080958, 0.116604915677637, 
0.0422424508991219, 0.109071218434758, 0.0666150693773212, 0.174633119183298, 
0.0645268299068541, 0.0709485215243274, 0.0682173756351461, 0.0643514854635756, 
0.014808611175444, 0.163637352944664, 0.0599393459014399, 0.134349635442672, 
0.214544784680364, 0.0460287439577173, 0.0692001626120574, 0.0682173756351461, 
0.0643514854635756, 0.014808611175444), X2 = c(0.64, 0.47, 0.598, 
0.52, 0.41, 1.38, 0.53, 0.73, 0.367, 0.58, 0.75, 0.38, 0.227, 
0.39, 0.36, 0.35, 0.41, 0.84, 0.53, 0.55, 0.33, 0.33, 0.356, 
0.58, 0.33, 0.52, 0.43, 0.53, 0.45, 0.37, 0.54, 0.98, 0.789, 
0.44, 0.23, 0.21, 0.67144, 0.37, 0.38, 0.18, 0.24, 0.36, 0.37, 
0.16, 0.58, 0.44, 0.41, 0.16, 0.13, 0.55, 0.99, 2.31, 1.264, 
1.005, 1.345, 1.24, 1.665, 1.545, 0.799, 0.736, 1.237, 0.776, 
0.742, 1.0259, 0.66, 1.17, 0.864, 1.191, 0.631, 0.745, 0.866, 
0.917, 1.105, 1.04, 0.517, 1.236, 1.066, 1.35, 0.947, 0.74, 0.62, 
1.572, 0.56, 1.189, 0.645, 0.9, 0.74, 0.568, 1.14, 1.159, 1.325, 
1.217, 1.37, 1.147, 1.89, 1.19, 1.3, 0.73, 0.693, 1.06)), row.names = c(NA, 
100L), class = "data.frame")

这就是我的游戏的样子（使用 mgcv）：

LMB.gam<-gam(X2~s(X1), data = LMB.stack)

当我在包 gratia 中使用draw(LMB.gam) 命令时，部分效果图是这样的：

当我使用mydraw.gam 命令（参见上一篇文章）同时尝试添加地毯图（参见下面的代码）时，我的图如下所示：

p<-mydraw.gam(LMB.gam)
p[[1]] +  geom_rug(position = "jitter",sides="b")

我需要一些帮助来弄清楚如何正确地将地毯图添加到与实际数据相对应的可编辑 gratia::draw ggplot 部分效果图。

谢谢！

【问题讨论】：

所以你想使用 mydraw.gam 但你想让情节看起来像第一张图片？

地毯图应该显示给定轴上数据的位置；因此，抖动它们对我来说没有多大意义，在gratia::draw

中绘制地毯时我当然不会抖动数据

好的，感谢您澄清这一点。我使用了 jitter，因为我在 ggplot 中看到了一些类似的 rugplots 代码，它们都使用了 jitter。很高兴知道。

【参考方案1】：

我将只使用smooth_estimates() 及其draw() 方法从模型中绘制单个平滑。然后，您可以使用标准 ggplot2 功能添加到它...

# using your data in `df`
m <- gam(X2 ~ s(X1), data = df)
sm <- smooth_estimates(m, smooth = "s(X1)")

draw(sm) +
  labs(title = "My title", y = "foo") +
  geom_rug(data = df,
           mapping = aes(x = X1),
           sides = "b",
           inherit.aes = FALSE)

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