R - 如何在 25 x 4 网格而不是 10 x 10 网格中绘制 10 个变量的成对比较？

Posted 2023-04-18

【中文标题】R - 如何在 25 x 4 网格而不是 10 x 10 网格中绘制 10 个变量的成对比较？

【英文标题】：R -- how to plot pairwise comparisons for 10 variables in a 25 x 4 grid instead of a 10 x 10 grid?

【发布时间】：2019-12-09 04:52:55

【问题描述】：

我有 10 个变量，我想在 R 中将它们相互绘制。如果我有更少，我可以这样做

pairs(data)

但不幸的是，当我这样做时，我得到的地块非常小。我看过这个问题。

Change plot size of pairs plot in R

我不认为 OP 正在寻求同样的东西。如果我理解正确，他想放大绘图，以便当他在 PDF 中放大绘图时，图像的绘制空间更大。

但是，我需要写一份报告，我想完全取消 10x10 网格（除非有人有更好的主意）。在成对比较网格中，通常有一个巨大的网格，其中网格中的每个单元格都是一个图。但显然对于大量变量，这很难查看。对于 10x10，这太小了。我想要一种绘图方法，它允许我自动生成所有成对比较，然后以更合理的格式打印出来。因此，对于 10 个变量，可能是 25 x 4 的网格，以便可以在多个页面上轻松查看图表。

在 ggplot2 中是否有一种简单的方法可以做到这一点？如果没有，还有哪些替代方案？

这是一个例子：

library(Matrix)
library(mvtnorm)
set.seed(42)
n <- 1000
sig <- matrix(rexp(100, rate=.1), ncol=10)
sig <- matrix(forceSymmetric(sig), ncol=10)
X <- rmvnorm(n, mean=rep(0,10), sigma=sig, method="svd")
pairs(X)

产生

【问题讨论】：

你能把它设为minimal reproducible example吗？没有您尝试更改的数据、大量代码或输出

你真的需要全部 100 个地块吗？其中 10 个是针对自身的变量，没有提供信息，45 个是反射（为相同的变量切换 x 和 y 轴）。所有信息都包含在 45 个图中（例如 9 x 5）。

@camille 我提供了一个最小的可重现示例

@dcarlson 不，我不需要反射或变量本身。如果有办法在没有这些的情况下做到这一点，那就足够了。

【参考方案1】：

假设您的数据集是df。你可以通过三个步骤做你想做的事：

library(tidyverse)

# create all combinations of different variable names
nms <- list(x = names(df), 
            y = names(df)) %>% 
  cross_df() %>% 
  filter(x != y)

# create list of all the scatter plots
plts <- map2(.x = nms$x, 
             .y = nms$y,
          ~ggplot(data = df, 
                   aes_string(x = .x, 
                              y = .y)) +
              geom_point()
          )

# create multi-page pdf with the figures
ggsave("longplot.pdf", 
       gridExtra::marrangeGrob(grobs = plts, 
                               nrow = 5, 
                               ncol = 2),
       device = "pdf", 
       width = 210, 
       height = 297, 
       units = "mm")

【参考方案2】：

这是一种使用基本图形的方法。首先创建一个地块列表：

plts <- expand.grid(1:10, 1:10)
plts <- as.matrix(plts[plts$Var2 < plts$Var1, ])

为一组 9 x 5 的 45 个地块设置比例。删除网格线/标签，因为您只想查看整体模式：

dev.new(width=8, height=12)
oldp <- par(mfcol=c(9, 5), mar=c(1, 1, 1, 1))
for (i in seq_len(dim(plts)[1])) 
     plot(X[, plts[i, ]], pch=20, cex=.5, xlab="", ylab="", axes=FALSE, frame=TRUE)
     title(xlab=paste("col", plts[i, 1]), ylab=paste("col", plts[i, 2]), line=0)

par(oldp)