在 Docker 容器中将 Spyder 连接到远程 Jupyter Notebook

Posted 2023-03-29

【中文标题】在 Docker 容器中将 Spyder 连接到远程 Jupyter Notebook

【英文标题】：Connecting Spyder to Remote Jupyter Notebook in a Docker Container

【发布时间】：2019-11-29 23:21:22

【问题描述】：

我一直在尝试将 Spyder 连接到在远程服务器上运行的 docker 容器并且一次又一次地失败。这是我要实现的目标的快速图表：

目前我正在通过 ssh 在远程机器上启动 docker 容器

docker run --runtime=nvidia -it --rm --shm-size=2g -v /home/timo/storage:/storage -v /etc/passwd:/etc/passwd -v /etc/group:/etc/group --ulimit memlock=-1 -p 8888:8888 --ipc=host ufoym/deepo:all-jupyter

所以我在端口 8888 上转发。然后在我正在运行的 docker 容器内

jupyter notebook --no-browser --ip=0.0.0.0 --port=8888 --allow-root --notebook-dir='/storage' 

好的，现在是 Spyder 部分 - 按照说明 here，我转到 ~/.local/share/jupyter/runtime，在那里我找到以下文件：

kernel-ada17ae4-e8c3-4e17-9f8f-1c029c56b4f0.json  nbserver-11-open.html  nbserver-21-open.html  notebook_cookie_secret
kernel-e81bc397-05b5-4710-89b6-2aa2adab5f9c.json  nbserver-11.json       nbserver-21.json

不知道该拿哪一个，我将它们全部复制到我的本地机器上。

我现在转到控制台->连接到现有内核，这给了我“连接到现有内核”窗口，我照此填写（当然使用我的实际远程 IP 地址）：

（这里我选择了Connection info:的第一个json文件）。我按 Enter 键，Spyder 变暗并崩溃。

无论我选择哪个连接信息文件，都会发生这种情况。所以，我的问题是：

1：我做的这些都正确吗？我找到了很多关于如何连接到远程服务器的说明，但到目前为止还没有找到专门连接到远程服务器上 docker 上的 jupyter notebook 的说明。

2：如果是，那么我还能做些什么来解决我遇到的问题？

我还应该注意，通过本地计算机上的浏览器连接到 Jupyter Notebook 没有问题。只是我更愿意使用 Spyder 作为我的 IDE。

非常感谢！

【问题讨论】：

恭喜你画好了：)

...您可以访问或 ssh docker 容器吗？

@Stefan 谢谢：P - 我通过 SSH 进入 docker 容器没有问题

我在这里也有同样的问题：***.com/questions/53891567/… 我无法像您在这里描述我的困境！ :)

@shaunakde 看起来有一个 PyCharm 的解决方法（不适用于 Spyder），如下所述：youtrack.jetbrains.com/issue/PY-33489。我试过了，它可以工作，但它对我来说不是一个解决方案，因为它需要在服务器上进行 sudo 访问（我没有），而且根本不安全，所以即使我也不会使用它做了。

【参考方案1】：

这与其说是一种解决方案，不如说是一种解决方法，但 sshfs 可能会有所帮助

使用 sshfs 将远程机器的主目录挂载到本地目录，然后您的 Spyder 本地副本可以像编辑本地文件一样编辑该文件。

sshfs remotehost.com:/home/user/ ./remote-host/

当您在 Spyder 中点击保存时，将更改上传到 AWS 主机通常需要大约半秒，这对我来说是可以接受的延迟。当需要运行代码时，通过 ssh 进入远程机器，然后从 IPython shell 运行代码。它并不优雅，但确实有效。

我并不认为这是最好的答案，但也许您可以将其用作权宜之计。

【参考方案2】：

我和你有同样的问题。我让它工作了，也许有点笨拙，因为我对 docker 完全陌生。以下是我的步骤和说明，说明我们的不同之处，希望对您有所帮助：

在远程机器上启动 docker 容器：

docker run --gpus all --rm -ti --net=host -v /my_storage/data:/home/data -v /my_storage/JSON:/root/.local/share/jupyter/runtime repo/张量流：20.03-tf2-py3

我使用第二个卷挂载，以便将 kernel.json 文件获取到我的本地计算机。我无法通过 ssh 直接从 docker 访问，因为它位于 docker 容器的 /root/ 文件夹中，并且只能通过 root 访问。如果您知道如何直接从那里阅读，我将很乐意学习。我的解决方法是： 在远程机器上，创建一个 JSON/ 目录，并将其映射到容器中的“jupyter --runtime-dir”。创建内核后，通过此卷挂载访问 kernel-xxx.json 文件，复制到本地机器并 chmod。

在容器中启动 ipython 内核： ipython内核 您正在启动 jupyter notebook。我怀疑这是你的问题的原因。我不确定 spyder 是否适用于笔记本电脑，但它适用于 iPython 内核。可能，它在 spyder 内核上效果更好。

将 kernel.json 文件从 /remote_machine/JSON 复制到本地机器，chmod 进行访问。

启动 spyder，使用本地 kernel.json 和 ssh 设置。这部分和你的一样。