编译并运行 OpenMPI 程序

Posted 2023-03-27

【中文标题】编译并运行 OpenMPI 程序

【英文标题】：Compile and run OpenMPI program

【发布时间】：2011-10-31 15:28:14

【问题描述】：

我使用的集群有几种主机类型——不同的 Linux 发行版/版本，一些 32 位，一些 64 位，不同版本的 GCC。我知道我应该使用 GCC 的平台特定 MPI 包装器来编译我的程序。这一步对我来说或多或少是清楚的。

我的程序使用固定数量的主机，每个主机正好运行 1 个进程。共享内存线程由 TBB 处理，所以基本上我只需要 MPI 用于主机之间的工作分配。

最后一步是在所有主机上运行程序。事实证明，这是我不知道该怎么做的部分，我的 IT 人员帮不了我。

我拥有的是每个主机的主机 IP 地址列表（准确地说是本地地址，例如 192.168.1.xxx）以及用户名和密码。如果它是带有平台特定编译器的编译器并复制到每个主机中，那么在所有主机上运行我的程序的步骤是什么？任何帮助表示赞赏。

【参考方案1】：

您需要对所有机器、主机文件、所有机器上的可执行文件进行无密码 SSH 访问。 确保可执行文件在所有机器上具有相同的（相对）路径。

主机文件（在主机上）：

# my_hostfile 
192.168.0.205
192.168.0.208

打开 MPI 的命令：

mpirun --hostfile my_hostfile programname

对于无密码 SSH 访问，在 ~/.ssh 下创建一个主密钥

ssh-keygen -t rsa

将主计算机中~/.ssh/rsa.pub 的（一行）内容添加到目标计算机上~/.ssh/authorized_keys2 中的新行。 （您可以使用其他 SSH 密码系统来代替 RSA。）

【讨论】：

我没用过 mpi 但你不需要在主机上启动一些东西吗？

我明天早上将在本地集群上尝试一下。 ;-)