运行 R 内核时如何在 google Colab 中访问 shell

Posted 2023-03-16

【中文标题】运行 R 内核时如何在 google Colab 中访问 shell

【英文标题】：How to access the shell in google Colab when running the R kernel

【发布时间】：2021-12-29 15:44:48

【问题描述】：

当我将 Python 与 colab 一起使用时，您可以使用 ! 和 %%shell 之类的东西访问底层操作系统，例如 !ls 以列出文件。

当我将 colab 与 R 内核一起使用时，! 和 %%shell 技巧不起作用。在这种情况下，有没有办法从 colab 调用 shell？

https://colab.research.google.com/#create=true&language=r

【问题讨论】：

不确定您是否对解决方法感兴趣，但您可以改用system2("ls", stdout = TRUE)（或list.files()）。

好主意，如果没有更短的方法，这可能是最好的选择。至于list.files() 之类的东西，这正是我一直在做的事情（例如，download.file(...) 而不是wget 等）。

【参考方案1】：

有一个基本的 R 函数system，它允许你调用 Notebook 后面的 shell。由于 colab 抑制了标准输出，因此需要设置选项 intern = TRUE 以将结果视为 R 字符向量。为了正确显示换行符，我定义了一个名为 shell_call 的函数，它类似于 ipython 中的 !：

shell_call <- function(command, ...) 
  result <- system(command, intern = TRUE, ...)
  cat(paste0(result, collapse = "\n"))


shell_call("ls -lah / | head")

【讨论】：

这基本上是我在评论中已经建议的（除了使用system - 请参阅?system：This interface has become rather complicated over the years: see system2 for a more portable and flexible interface which is recommended for new code.）。

Ipythons ! 的行为更多的是函数system 而不是system2：你不能只写system2("ls -lah /", stdout = TRUE)。此外，它返回一个字符向量而不是格式化文本。这就是我定义函数!

的原因

当然——我们可以用类似的方式为 system2 编写一个包装器，但我个人不想覆盖 R 中的逻辑运算符 !。

我将答案修改为不超载!

【参考方案2】：

如here 所述，魔法的实现是内核特定的：

致 Jupyter 用户：魔术是 IPython 特有的并由 IPython 提供 核心。 Magics 是否在内核上可用是一个决定 由内核开发人员基于每个内核制作。要正常工作， Magics 必须使用在底层中无效的语法元素 语言。例如，IPython 内核使用 % 语法元素 对于 Magics，因为 % 在 Python 中不是有效的一元运算符。然而， ％ 在其他语言中可能有含义。

R 不提供以这种方式实现魔法的良好条件，例如 %% 用作模运算符，! 用作逻辑非运算符。

这就是 IRkernel 的开发人员选择不支持 %%cell 魔术的原因 - 请参阅 this 或 this。

正如 cmets 中已经概述的那样，在使用 IRkernel 时，您需要在 R 语言本身中找到解决方案，例如使用内置函数访问 shell system2("ls", stdout = TRUE) 或搜索文件 list.files()（您可能还希望按照 @danlooo 的建议将它们包装在自定义函数中）。

如果您仍想使用魔法，另一种方法是使用 R 魔法（扩展 rmagic）和 IPython 内核，如 here 或 here 所示：