在 Google Colab 中使用 Git 的方法

Posted 2023-03-16

【中文标题】在 Google Colab 中使用 Git 的方法

【英文标题】：Methods for using Git with Google Colab

【发布时间】：2018-06-29 05:36:00

【问题描述】：

有没有推荐的方法将git与colab集成？

例如，是否可以处理来自 google 源代码库或类似资源的代码？

谷歌驱动器和云存储都不能用于 git 功能。

所以我想知道是否还有办法做到这一点？

【参考方案1】：

如果您想克隆一个私有存储库，最快的方法是创建一个personal access token 并仅选择您的应用程序需要的权限。然后 GitHub 的克隆命令如下所示：

!git clone https://[e-mail]/username/repository.git

【讨论】：

这几乎是重复另一个答案。但是欢迎。

有没有办法动态传递用户名和密码。使用变量？

u = 'user0'; p = 'pass0'; !git clone https://$u:$[e-mail]/$u/repository.git 这应该可以，p u 也可以。 （！...应该开始一个新的行。）

如果您的密码中有@，请将其替换为%40。

我能找到的最安全的方法是使用上面定义的令牌并将其作为变量，这样在使用后它的痕迹就消失了。 from IPython.display import clear_output; u = input(); key = input(); clear_output() 运行 !git clone https://$u:$[e-mail]/rohitdavas/reponame.git

【参考方案2】：

机器上安装了git，可以使用!调用shell命令。

例如，克隆一个git 存储库：

!git clone https://github.com/fastai/courses.git

这是一个完整的示例，它克隆存储库并加载存储在其中的 Excel 文件。 https://colab.research.google.com/notebook#fileId=1v-yZk-W4YXOxLTLi7bekDw2ZWZXWW216

【讨论】：

克隆私有仓库时有没有办法输入用户名和密码？

如何将 Colab 的结果返回到 github。我主要考虑检查点文件来检索模型以在本地机器上进行推理

在您的 github 设置的 Dev 选项卡中创建一个令牌并使用它：! git clone https://[e-mail]/username/repository.git。

【参考方案3】：

在 Google colab 中克隆您的私有 github 存储库的非常简单易行的方法如下。

您的密码不会泄露 虽然您的密码包含特殊字符，但它也有效 只需在 Colab 单元中运行以下 sn-p，它将以交互方式执行

import os
from getpass import getpass
import urllib

user = input('User name: ')
password = getpass('Password: ')
password = urllib.parse.quote(password) # your password is converted into url format
repo_name = input('Repo name: ')

cmd_string = 'git clone https://0:[e-mail]/0/2.git'.format(user, password, repo_name)

os.system(cmd_string)
cmd_string, password = "", "" # removing the password from the variable

【讨论】：

你说密码不会暴露，但是如果可以访问 colab notebook 执行的 bash 语句，他们很容易找到密码，不是吗？如果您假设没有人可以访问此类 bash 语句，那么其他方法究竟是如何公开密码的？

@Ritwik 密码不会保存在笔记本上

@ohailolcat 这假设没有人在阅读日志文件...

【参考方案4】：

您可以使用 ssh 协议将您的私有存储库与 colab 连接起来

在本地机器上生成 ssh 密钥对，别忘了保留 释义为空，请查看tutorial。

上传到colab，查看下面screenshot

from google.colab import filesuploaded = files.upload()

将 ssh kay 对移动到 /root 并连接到 git

删除以前的 ssh 文件! rm -rf /root/.ssh/*! mkdir /root/.ssh 解压你的 ssh 文件! tar -xvzf ssh.tar.gz 复制到根目录! cp ssh/* /root/.ssh && rm -rf ssh && rm -rf ssh.tar.gz ! chmod 700 /root/.ssh 添加您的 git 服务器，例如 gitlab 作为 ssh 已知主机! ssh-keyscan gitlab.com >> /root/.ssh/known_hosts! chmod 644 /root/.ssh/known_hosts 设置您的 git 帐户! git config --global user.email "email"! git config --global user.name "username" 终于连接到你的git服务器! ssh [e-mail]

验证您的私有存储库，请检查此Per-repository deploy keys。

使用! [e-mail]:account/projectName.git 注意：要使用推送，您必须为 授予写入权限 用于验证 git 服务器的公共 ssh 密钥。

【讨论】：

参见：medium.com/@ashkanpakzad/data-into-google-colab-5ddeb4f4e8

【参考方案5】：

为了保护您的账户用户名和密码，您可以使用getPass并在shell命令中将它们连接起来：

from getpass import getpass
import os

user = getpass('BitBucket user')
password = getpass('BitBucket password')
os.environ['BITBUCKET_AUTH'] = user + ':' + password

!git clone https://$[e-mail]/user/repository.git

【讨论】：

这种保护真的很弱，因为明文密码显示在日志/输出中。

@Simon 仅当您因为遇到一些错误而无法克隆存储库时才显示密码。

就我而言，由于user，我收到了一个 400（错误请求），它不会转换为实际的用户名。

【参考方案6】：

你几乎可以使用这个链接： https://qiita.com/Rowing0914/items/51a770925653c7c528f9

作为上述链接的摘要，您应该执行以下步骤：

1- 使用以下命令将您的 google colab 运行时连接到您的 Google 云端硬盘：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

它需要一个身份验证过程。随心所欲。

2-在current directory那里设置你要克隆Git项目的路径：

在我的例子中：

path_clone = "drive/My Drive/projects"
%cd path_clone

不要忘记在cd 命令的开头使用!。

3- 克隆 Git 项目：

!git clone <Git project URL address>

现在您将在您的 Google Drive 中的 projects 文件夹中拥有克隆的 Git 项目（它也连接到您的 Google Colab 运行时机器）

4- 转到您的 Google 云端硬盘（使用浏览器等），然后转到“项目”文件夹并打开您要在 Google Colab 中使用的 .ipynb 文件。 p>

5-现在您有了 Google Colab 运行时和您想要使用的 .ipynb，它也连接到您的 Google 云端硬盘，并且所有克隆的 git 文件都在 Colab 运行时的存储中.

注意：

1- 检查您的 Colab 运行时是否已连接到 Google 云端硬盘。如果未连接，只需重复上述第 1 步。

2- 使用“pwd”和“cd”命令仔细检查 current directory 是否与 google Drive 中克隆的 git 项目相关（上面的第 2 步）。

【讨论】：

使用%cd 而不是!cd

【参考方案7】：

使用git同步colab与github或gitlab的三步。

生成一个私钥-公钥对。将私钥复制到系统clibboard以供步骤2使用。根据需要将公钥粘贴到github或gitlab。

在 Linux 中，ssh-keygen 可用于在 ~/.ssh 中生成密钥对。生成的私钥在文件 id_rsa 中，公钥在文件 id_rsa.pub 中。

在 Colab 中，执行

key = \
'''
paste the private key here 
(your id_rsa or id_ecdsa file in the .ssh directory, e.g.
-----BEGIN EC PRIVATE KEY-----
M..............................................................9
...............................................................J
..................................==
-----END EC PRIVATE KEY-----
'''
! mkdir -p /root/.ssh
with open(r'/root/.ssh/id_rsa', 'w', encoding='utf8') as fh:
    fh.write(key)
! chmod 600 /root/.ssh/id_rsa
! ssh-keyscan github.com >> /root/.ssh/known_hosts 
# test setup
! ssh -T [e-mail]
# if you see something like "Hi ffreemt! You've successfully 
# authenticated, but GitHub does not provide shell access."
# you are all set. You can tweak .ssh/config for multiple github accounts

像往常一样使用 git 拉/推。

同样的想法可以用于 colab 和 HostA 之间的 rsync（或 ssh），只需稍作改动：

生成一个私钥-公钥对。将私钥复制到系统clibboard，用于步骤2。将公钥粘贴到HostA中.ssh中的authorized_keys。

在 Colab 中，执行

key = \
'''
paste the private key here
'''
! mkdir -p /root/.ssh
with open(r'/root/.ssh/id_rsa', 'w', encoding='utf8') as fh:
    fh.write(key)
! chmod 600 /root/.ssh/id_rsa
! ssh -oStrictHostKeyChecking=no root@HostA hostnam  # ssh-keyscan 

HostA >> /root/.ssh/known_hosts 似乎不适用于 IP。

照常使用 rsync 在 colab 和 HostA 之间同步文件。

【参考方案8】：

将私有仓库克隆到 google colab：

生成令牌：

Settings -> Developer settings -> Personal access tokens -> Generate new token

复制令牌并克隆 repo（相应地替换 username 和 token）

!git clone https://username:[e-mail]/username/repo_name.git

【参考方案9】：

2021 年 9 月更新 — 出于安全原因，现在不推荐使用 github 使用密码。请改用Personal Access Token — 转到 github.com -> 设置 -> 开发人员设置 -> 个人访问令牌并为所需目的生成令牌。对于本教程中提到的所有任务，请使用此密码代替您的密码！

更多详情你也可以看我在 Medium 上的文章：https://medium.com/geekculture/using-git-github-on-google-colaboratory-7ef3b76fe61b

没有一个答案能提供像这样直接而直接的答案：

GitColab

这可能就是您正在寻找的答案..

在 colab 上适用于公共和私有存储库，并且不要更改/跳过任何步骤：（全部替换 vars）

TL;DR 完成流程：

!git clone https://your_username:[e-mail]/destination_repo_username/destination_repo_projectname.git
%cd /content/destination_repo_username

!git config --global user.name "your_username"
!git config --global user.email "your_email_id"
!git config --global user.password "your_password"

进行更改然后运行：

!git add .
!git commit -m "Message"
!git push

克隆存储库：

!git clone https://your_username:[e-mail]/destination_repo_username/destination_repo_projectname.git

将目录更改为

对于 jupyter 笔记本，使用 line magic 命令 %cd 将目录更改为 destination_repo_username。

%cd /content/destination_repo_username

验证！

拉

检查是否一切正常！

!git pull

如果克隆后没有对远程 git repo 进行任何更改，则应显示以下输出：

Already up to date.

状态

类似地检查分阶段/非分阶段更改的状态。

!git status

它应该显示这个，并选择默认分支：

On branch main
Your branch is up to date with 'origin/main'.

nothing to commit, working tree clean

检查旧日志

检查您之前在 repo 上所做的提交：

!git log -n 4

输出带有日志的 Git 提交 ID：

commit 18ccf27c8b2d92b560e6eeab2629ba0c6ea422a5 (HEAD -> main, origin/main, origin/HEAD)
Author: Farhan Hai Khan <[e-mail]>
Date:   Mon May 31 00:12:14 2021 +0530

    Create README.md

commit bd6ee6d4347eca0e3676e88824c8e1118cfbff6b
Author: khanfarhan10 <[e-mail]>
Date:   Sun May 30 18:40:16 2021 +0000

    Add Zip COVID

commit 8a3a12863a866c9d388cbc041a26d49aedfa4245
Author: khanfarhan10 <[e-mail]>
Date:   Sun May 30 18:03:46 2021 +0000

    Add COVID Data

commit 6a16dc7584ba0d800eede70a217d534a24614cad
Author: khanfarhan10 <[e-mail]>
Date:   Sun May 30 16:04:20 2021 +0000

    Removed sample_data using colab (testing)

在本地仓库中进行更改

从本地 repo 目录进行更改。

这些可能包括编辑、删除、编辑。

专业提示：如果您愿意，可以通过以下方式将粘贴内容从驱动器复制到 git 存储库：

装载谷歌驱动器：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/gdrive')

使用 shutil 复制内容：

import shutil

# For a folder:
shutil.copytree(src_folder,des_folder)

# For a file:
shutil.copy(src_file,des_file)

# Create a ZipFile
shutil.make_archive(archive_name, 'zip', directory_to_zip)

设置 Git 凭据

告诉 Git 你是谁？

!git config --global user.name "your_username"
!git config --global user.email "your_email_id"
!git config --global user.password "your_password"

再次检查遥控器

检查远程 url 是否设置和配置正确：

!git remote -v

如果配置正确，它应该输出以下内容：

origin  https://your_username:[e-mail]/destination_repo_username/destination_repo_projectname.git (fetch)
origin  https://your_username:[e-mail]/destination_repo_username/destination_repo_projectname.git (push)

添加、提交、推送

你知道该怎么做。

!git add .
!git commit -m "Message"
!git push

享受吧！

【参考方案10】：

https://***.com/a/53094151/3924118 解决方案对我不起作用，因为表达式 user 没有被转换为实际用户名（我收到 400 错误请求），所以我将该解决方案稍微更改为以下解决方案。

from getpass import getpass
import os

os.environ['USER'] = input('Enter the username of your Github account: ')
os.environ['PASSWORD'] = getpass('Enter the password of your Github account: ')
os.environ['REPOSITORY'] = input('Enter the name of the Github repository: ')
os.environ['GITHUB_AUTH'] = os.environ['USER'] + ':' + os.environ['PASSWORD']

!rm -rf $REPOSITORY # To remove the previous clone of the Github repository
!git clone https://$[e-mail]/$USER/$REPOSITORY.git

os.environ['USER'] = os.environ['PASSWORD'] = os.environ['REPOSITORY'] = os.environ['GITHUB_AUTH'] = ""

如果您能够克隆your-repo，您应该不会在此命令的输出中看到任何密码。 如果出现错误，密码可能会显示在输出中，因此请确保在此命令失败时不要共享笔记本。

【参考方案11】：

我在这里尝试了一些方法，它们都运行良好，但我遇到的一个问题是，在笔记本单元格中处理所有 git 命令和其他相关命令变得很困难，例如使用 DVC 进行版本控制。所以，我转向了这个不错的解决方案，Kora。它是一个可以在 colab 中运行的终端仿真器。这提供了与本地机器中的终端非常相似的易用性。笔记本仍然存在，我们可以像往常一样编辑文件和单元格。由于此控制台是临时的，因此不会公开任何信息。 GitHub登录等命令可以照常运行。

科拉：https://pypi.org/project/kora/

用法：

!pip install kora

from kora import console
console.start()

【参考方案12】：

我终于振作起来，为此编写了一个 python 包。

pip install clmutils  # colab-misc-utils

在 /content/drive/MyDrive（如果谷歌驱动器安装到驱动器）或 /content/drive/.env 中创建一个 dotenv 或 .env

# for git 
user_email = "your-email"
user_name = "your-github-name"
gh_key = "-----BEGIN EC PRIVATE KEY-----
...............................................................9
your github private key........................................J
..................................==
-----END EC PRIVATE KEY-----
"

在 Colab 单元中

from clmutils import setup_git, Settings

config = Settings()
setup_git(
    user_name=config.user_name,
    user_email=config.user_email,
    priv_key=config.gh_key
)

然后，您就可以在家里或工作的自己可爱的电脑上做所有git cloen、修改代码、git push 的事情了。

clmutils 还有一个名为setup_ssh_tunnel 的函数，用于设置到 Colab 的反向 ssh 隧道。它还从 .env 文件中读取各种密钥、用户名、主机名。这有点涉及。但是，如果您知道如何手动设置到 Colab 的反向 ssh 隧道，那么您就可以毫无问题地弄清楚它们的用途。详细信息可在 github repo (google clmutils pypi) 上找到。

【参考方案13】：

使用以下方式安装驱动器：

from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive/')

然后：

%cd /content/drive/

克隆驱动器中的存储库

!git clone <github repo url> 

从 repo 访问其他文件（例如：helper.py 是 repo 中的另一个文件）：

import imp 
helper = imp.new_module('helper')
exec(open("drive/path/to/helper.py").read(), helper.__dict__)

【讨论】：

致命：无法创建工作树目录“示例”：不支持操作

【参考方案14】：

如果你想分享你的 repo 和 colab，这很有效。如果您有多个存储库，也可以使用。把它扔进一个牢房里。

import ipywidgets as widgets
from IPython.display import display
import subprocess

class credentials_input():
    def __init__(self, repo_name):
        self.repo_name = repo_name
        self.username = widgets.Text(description='Username', value='')
        self.pwd = widgets.Password(description = 'Password', placeholder='password here')

        self.username.on_submit(self.handle_submit_username)
        self.pwd.on_submit(self.handle_submit_pwd)        
        display(self.username)

    def handle_submit_username(self, text):
        display(self.pwd)
        return

    def handle_submit_pwd(self, text):
        cmd = f'git clone https://self.username.value:[e-mail]_name'
        process = subprocess.Popen(cmd.split(), stdout=subprocess.PIPE)
        output, error = process.communicate()
        print(output, error)
        self.username.value, self.pwd.value = '', ''

get_creds = credentials_input('github.com/username/reponame.git')
get_creds

【参考方案15】：

另一个基于@Marafon Thiago 回答的解决方案：

注意：在带有特殊字符的密码中，使用字符各自的encoding。

例如 passwd = '@123' 你应该输入 :passwd = '%40123'

from getpass import getpass
user = getpass('BitBucket user')
password = getpass('BitBucket password')

!git init
!git clone https://user:[e-mail]/aqtechengenharia/aqtlibpy.git