使用不同的文件替换一个单词 Bash

Posted 2023-03-15

【中文标题】使用不同的文件替换一个单词 Bash

【英文标题】：Replace a word using different files Bash

【发布时间】：2020-10-01 08:52:03

【问题描述】：

我想编辑我的 1.txt 文件，找到一个单词并将其替换为 2.txt 中的对应单词，并添加文件 2 的其余字符串。

我有兴趣维护我的 1.txt 文件的顺序。

>title1
ID1 .... rest of string im not interested
>title2
ID2 .... rest of string im not interested
>title3
ID3 .... rest of string im not interested
>title....

但我想添加我的文件2的信息

>ID1  text i want to extract
>ID2  text i want to extract
>ID3  text i want to extract
>IDs....

最后我想用这个结构创建一个新文件

>title1
ID1 .... text I want
>title2
ID2 .... text I want
>title3
ID3 .... text I want
>title....

我尝试了几个 sed 命令，但大多数都没有完全替换 ID# 那是在两个文件中。希望它可以在 bash 中完成

感谢您的帮助

尝试失败.. 我的代码是 文件 1 = cog_anotations.txt，文件 2=Real.cog.txt ID= COG05764、COG 015668 等...

sed -e '/COG/r Real.cog.txt' -e 'd' cog_anotations.txt
sed "s/^.*COG.*$/$(cat Real.cog.txt)/" cog_anotations.txt
sed -e '/\$COG\$/r Real.cog.txt'  -e 'd' cog_anotations.txt
grep -F -f cog_anotations.txt Real.cog.txt > newfile.txt
grep -F -f Real.cog.txt cog_anotations.txt > newfile.txt

【问题讨论】：

向我们展示您的失败尝试

【参考方案1】：

文件.awk：

BEGIN  RS=">" 
 
  if (FILENAME == "1.txt") 
    a[$2]=$1; b[$2]=$2; 
   
  else  
      if ($1 == b[$1]) 
        if ($1 !="")  printf(">%s\n%s",a[$1],$0)  
      
  

呼叫：

gawk -f file.awk 1.txt 2.txt

文件的顺序很重要。

结果：

>title1
ID1  text i want to extract
>title2
ID2  text i want to extract
>title3
ID3  text i want to extract

解释：

第一个文件在“>”处被划分为记录，然后创建了两个关联数组。仅对第二个文件执行 else 正文。接下来我们检查第二个文件的字段 1 是否在表 b 中，如果是，则格式化并打印下一行。

【参考方案2】：

不要写一些嵌套的 grep。 带有查找表的简单的一次性逻辑：

declare -A lookup
while read key txt
do lookup["$key"]="$txt"
done < 2.txt

while read key txt
do echo "$lookup[$key]:-$txt"
done < 1.txt