如何使用 pygraphviz 增加点图中节点之间的间距？

Posted 2023-03-12

【中文标题】如何使用 pygraphviz 增加点图中节点之间的间距？

【英文标题】：How can I increase spacing between nodes in dot graph with pygraphviz?

【发布时间】：2020-12-06 03:32:24

【问题描述】：

我在尝试增加我正在制作的分层图中节点之间的间距时遇到了麻烦。我希望在此图上放置标签，因此节点之间的间距必须相当大，但我不确定 pygraphvis_layout 的“args”参数如何工作，或者我是否正确使用它。

似乎相同等级的节点之间的间距至少应为 2 英寸，但这并未反映在实际图像中。据我测试，改变提供给 nodeep 的数字对间距没有影响。

我已经查看了其他解决方案：pydot 没有工作，并且似乎输出了我无法打开的 png 文件，并且我已经在使用 NetworkX 来绘制其他相关的图形。

（除了指定的导入之外，复制还需要 graphviz。）

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import pygraphviz_layout

plt.figure(figsize=(10, 7))
graph = nx.DiGraph([(0, 1), (0, 2),
                    (1, 3), (1,4), (2,5), (2,6),
                    (3, 7), (3, 8), (4, 9), (4, 10), (5, 11), (5, 12), (6, 13), (6, 14)])
pos = pygraphviz_layout(graph, prog="dot", args='-Gnodesep=2')
nx.draw_networkx_nodes(
    graph, pos, nodelist=graph.nodes, node_size=1000, node_color="r", alpha=0.8
)
nx.draw_networkx_edges(graph, pos, edgelist=graph.edges, width=1, edge_color="k")
plt.axis("off")
plt.savefig("test.svg")
plt.show()

【参考方案1】：

绘制图形的空间受图形大小的限制。试玩一下大小，例如：

pos = pygraphviz_layout(graph, prog="dot", args='-Gnodesep=2')
nx.draw_networkx_nodes(...)
nx.draw_networkx_edges(...)
plt.figure(figsize=(20,20))
plt.show()

一旦大小足够大，Gnodesep 参数应该可以工作。