尝试使用 ggplot2 的 geom_smooth() 显示原始和拟合数据(nls + dnorm)
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【中文标题】尝试使用 ggplot2 的 geom_smooth() 显示原始和拟合数据(nls + dnorm)【英文标题】:trying to display original and fitted data (nls + dnorm) with ggplot2's geom_smooth() 【发布时间】:2011-05-21 21:25:59 【问题描述】:我正在探索一些数据,所以我想做的第一件事是尝试对其进行正态(高斯)分布。这是我第一次在 R 中尝试这个,所以我一步一步来。首先,我预先合并了我的数据:
myhist = data.frame(size = 10:27, counts = c(1L, 3L, 5L, 6L, 9L, 14L, 13L, 23L, 31L, 40L, 42L, 22L, 14L, 7L, 4L, 2L, 2L, 1L) )
qplot(x=size, y=counts, data=myhist)
由于我想要计数,我需要添加一个归一化因子 (N) 来扩大密度:
fit = nls(counts ~ N * dnorm(size, m, s), data=myhist, start=c(m=20, s=5, N=sum(myhist$counts)) )
然后我创建了适合显示的数据,一切都很好:
x = seq(10,30,0.2)
fitted = data.frame(size = x, counts=predict(fit, data.frame(size=x)) )
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_line(data=fitted)
当我发现这个讨论使用 geom_smooth() 一步完成所有操作的线程时,我很兴奋,但我无法让它工作:
http://www.mail-archive.com/r-help@r-project.org/msg109882.html这是我尝试的……以及我得到的:
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_smooth(method="nls", formula = counts ~ N * dnorm(size, m, s), se=F, start=list(m=20, s=5, N=300, size=10))
Error in method(formula, data = data, weights = weight, ...) :
parameters without starting value in 'data': counts
该错误似乎表明它正在尝试适应观察到的变量 counts,但这没有任何意义,如果我为也很重要:
fitting parameters ‘m’, ‘s’, ‘N’, ‘size’, ‘counts’ without any variables
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'counts' not found
知道我做错了什么吗?当然,这不是世界末日,但步骤越少越好,而且你们总是为这些常见任务想出最优雅的解决方案。
提前致谢!
杰弗里
【问题讨论】:
您提到您正在探索数据。是否必须适合nls
?使用简单的ggplot(myhist, aes(x = size, y = counts)) + geom_point() + geom_smooth()
可以让你更轻松地适应黄土(我相信)。我确实希望有人能解释如何让nls
工作,虽然......相当神秘。
我(不情愿地)来到自然科学的统计数据,所以“探索”往往意味着“时间适应高斯!”。不过说真的,我找到了一些很棒的资源,比如 Ricci 的“Fitting Distributions in R”(cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-distributions-en.pdf)和 fitdistr() 上的这个 SO 答案(***.com/questions/4290081/…),但没有一个旧的东西使用 ggplot2。
【参考方案1】:
第一个错误表示ggplot2在数据中找不到公式中使用的变量'count'。
统计发生在映射之后,即size -> x,counts -> y。
以下是在 geom_smooth 中使用 nls 的示例:
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() +
geom_smooth(method="nls", formula = y ~ N * dnorm(x, m, s), se=F,
start=list(m=20, s=5, N=300))
关键是在公式的规范中使用x和y,而不是大小和计数。
【讨论】:
谢谢,kohske -- 这解释了!以上是关于尝试使用 ggplot2 的 geom_smooth() 显示原始和拟合数据(nls + dnorm)的主要内容,如果未能解决你的问题,请参考以下文章