测试 HDF5/c++ 中存在的数据集并处理错误

Posted 2023-03-11

【中文标题】测试 HDF5/c++ 中存在的数据集并处理错误

【英文标题】：test dataset existence in HDF5/c++ and handle the error

【发布时间】：2021-09-10 17:27:11

【问题描述】：

我正在使用 C++ 中的 HDF5 库读取 *.hdf5 系列文件。这些文件具有相同的数据集（相同的keys，但信息不同），但有时单个数据集可能会在文件中丢失（例如，在 100 个文件中我有数据集apple，在 3 个文件中我没有任何@ 987654323@ dataset），在这些情况下有以下例外：

HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.7) thread 0:
 #000: H5D.c line 298 in H5Dopen2(): unable to open dataset
   major: Dataset
   minor: Can't open object
 [...]
 #005: H5Gloc.c line 376 in H5G__loc_find_cb(): object 'apple' doesn't exist
   major: Symbol table
   minor: Object not found
terminate called after throwing an instance of 'H5::GroupIException'

当发生此错误时，我想处理此异常，例如为该文件创建一个空的苹果数据集。

在这里，我发布了读取文件->组->数据集的代码块。处理错误，我想创建一个空的GoldenApples 向量，即使数据集apple 不存在。

 std::string FileName = "fruit." + std::to_string(cutID) + ".hdf5";

 fruitFile = H5::H5File(FileName, H5F_ACC_RDONLY );

 H5::Group group = fruitFile.openGroup("fruit");
 H5::DataSet dataset = group.openDataSet("apple");
 H5::DataSpace dataspace = dataset.getSpace();
 hsize_t naxes[2];
 dataspace.getSimpleExtentDims(naxes, NULL);

 AppleType = Eigen::MatrixXd::Zero(naxes[1], naxes[0]);

 dataset.read(AppleType.data(), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);

 GoldenApples = std::vector<int>(naxes[0], 0.);
 

 //need golden apples, which are in pos (4,i) in matrix AppleType
 for (int i = 0; i < naxes[0]; i++)
   GoldenApples[i] = AppleType(4,i);
   
 

 fruitFile.close();

【参考方案1】：

如果您未绑定到特定库，请查看HDFql，因为使用它很容易检查 HDF5 数据集的存在。在 C++ 中使用 HDFql，您的用例可以解决如下：

// check if dataset 'apple' exists in HDF5 file 'fruit.h5'
if (HDFql::execute("SHOW DATASET fruit.h5 apple") == HDFql::Success)

    std::cout << "Dataset apple exists!" << std::endl;

else

    std::cout << "Dataset apple does not exist!" << std::endl;

有关 HDFql 的更多信息，请查看其reference manual 以及一些examples。