如何在 Mac OS X 上的 C 程序中包含 hdf5 头文件？

Posted 2023-03-11

【中文标题】如何在 Mac OS X 上的 C 程序中包含 hdf5 头文件？

【英文标题】：How to include hdf5 header files in a C program on Mac OS X?

【发布时间】：2012-06-01 17:37:42

【问题描述】：

我正在尝试学习如何使用 C 进行编程，并且我希望能够将数据从 .hdf 文件导入到我的 C 程序中。

我使用的是 2009 年中期配备 Mac OS X lion 的 MacBook Pro。

我认为我遇到了问题，因为我不知道将所有与 hdd 关联的头文件放在系统的哪个位置（请记住，我有点菜鸟）。所以我只是从hdd网站下载了hdf5-1.8.9-freebsd-shared文件夹，然后手动将/include子目录下的所有.h文件拖到了/usr/include目录下到我的电脑上。

当我尝试使用普通的 gcc 终端命令编译我的 .c 程序时，我收到一个错误，类似于以下内容（对格式感到抱歉，但我认为确切的错误并不重要）：

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "_H5check_version", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Fcreate", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Screate_simple", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5open", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5T_STD_I32LE_g", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dcreate2", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5T_NATIVE_INT_g", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dwrite", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dclose", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Sclose", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Fclose", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Fopen", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dopen2", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
  "_H5Dread", referenced from:
      _main in cc9FVO6S.o
ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
collect2: ld returned 1 exit status

虽然确切的错误取决于我要编译的代码。这是在我尝试编译 sample program 时生成的。

有没有人有过让 hdf5 在 Mac OS X 中用 C 语言工作的经验？我发现这一切都很混乱。

顺便说一下，我平时用python，经常用h5py没问题。

【问题讨论】：

这个库的 freebsd 版本在 OSX 上工作似乎是一个相当随机的猜测。找到一个 OSX 版本，或者自己编译一个。除了包含头文件你还需要链接到 hdf5 库，这里的错误信息说你没有

【参考方案1】：

当您使用 -l<library-name> 和 -L<library-dir> 用于非标准位置的库时，您必须告诉链接器。

如果你在/usr/local/hdf5 中安装了 hdf5，你需要类似的东西：

gcc -o h5ex_d_rdwr h5ex_d_rdwr.c -I/usr/local/hdf5/include -L/usr/local/hdf5/lib -lhdf5

如果您使用的是高级 API，还请添加 -lhdf5_hl。

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如果您安装了 pkg-config 并且它知道您的 hdf5 安装，您可以让它为您完成：

gcc -o h5ex_d_rdwr h5ex_d_rdwr.c `pkg-config hdf5 --cflags --libs`