Python 无法打开 .h5 文件

Posted 2023-03-11

【中文标题】Python 无法打开 .h5 文件

【英文标题】：Python unable to open a .h5 file

【发布时间】：2017-05-19 09:10:41

【问题描述】：

我正在尝试打开一个 HDF5 文件以便用 python 读取它，以便以后可以用它做更多的事情。运行程序读取文件时出错。程序如下：

import h5py    # HDF5 support
import numpy

fileName = "C:/.../file.h5"
f = h5py.File(fileName,  "r")
for item in f.attrs.keys():
    print item + ":", f.attrs[item]
mr = f['/entry/mr_scan/mr']
i00 = f['/entry/mr_scan/I00']
print "%s\t%s\t%s" % ("#", "mr", "I00")
for i in range(len(mr)):
    print "%d\t%g\t%d" % (i, mr[i], i00[i])
f.close()

如果我运行程序，我最终会看到这个错误：

Traceback (most recent call last):
 File "TestHD5.py", line 8, in <module>
    mr = f['/entry/mr_scan/mr']
 File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2587)
 File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2546)
 File "C:\programs\Python27\lib\site-packages\h5py\_hl\group.py", line 166, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)
 File "h5py\_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2587)
 File "h5py\_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (C:\aroot\work\h5py\_objects.c:2546)
 File "h5py\h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (C:\aroot\work\h5py\h5o.c:3417)
KeyError: 'Unable to open object (Component not found)'

我只是缺少一些模块来读取文件，还是这是别的什么。如果我使用 h5 文件查看程序，它将打开 .h5 文件。谢谢

【问题讨论】：

请不要发布您的代码或输出的图像。直接粘贴代码和输出，这样使用起来更容易。

对不起，我希望这能让它变得更好@RushyPanchal

对不起，我希望这会让它变得更好@RadLexus

尝试在你的文件名前加上和r； r"C:\User.

避免像瘟疫这样的路径中的反斜杠。 Python 很乐意为您在 Windows 上将正斜杠 (/) 转换为反斜杠。

【参考方案1】：

你的字符串：

path = "C:\Users\312001\m2020\data\20170104_145626\doPoint_20170104_150016\dataset_XMIT    data_20170104_150020.h5"

充满了损坏/非法的escapes（幸好它们会变成SyntaxErrors，尽管您使用的是Python 2），还有一些实际上确实可以工作，所以Python认为path是真的等于：'C:\\Users\xca001\\m2020\\data\x8170104_145626\\doPoint_20170104_150016\\dataset_XMIT data_20170104_150020.h5'（注意那些\x##）。

您的选择：

使用raw string，在字符串文字前加上r 不要在路径中使用反斜杠。 Python 会将 Windows 路径的正斜杠转换为反斜杠。 双反斜杠。

【讨论】：

感谢您摆脱了 UnicodeDecodeError 和终端显示的其他一些行。生病编辑它，以便您可以看到它现在显示的内容。我仍然无法打开文件。

【参考方案2】：

@NickT 发布的答案解决了我原来的问题。新版本出现的问题是由于hd5文件中的hd5文件夹名称与代码提供的文件夹名称不匹配。