在 python 中构建依赖关系图

Posted 2023-03-07

【中文标题】在 python 中构建依赖关系图

【英文标题】：Build a dependency graph in python

【发布时间】：2012-12-23 22:01:52

【问题描述】：

我想知道 python 是否有一些内置库（或网络上的任何库..） 这将为我创建一个依赖关系图？ 我有一个像这样格式化的文件

A::Requires         = ""
B::Requires     = A
C::Requires     = B
H::Requires     = A

AA::Requires         = ""
BB::Requires         = AA
C::Requires     = B

CC::Requires    = BB

理想情况下，我想要像这样的树：

A
 +-B
   +-C
 +-H

AA
 +-BB
   +-CC

所以基本上是一个库，我将在其中提供一个元组 (A,B) 或 (A,H)，它会为我构建树吗？ 如果不存在这样的库，那么完成类似事情的更简单方法是什么？

谢谢

【问题讨论】：

furius.ca/snakefood - 但它似乎只适用于 Python 2。

【参考方案1】：

尝试以下几种之一：

graph-tool networkx igraph

graph-tool 很难安装（它需要大量内存来编译，我认为它需要大约 5GB 的 RAM 和大约 12 小时的编译时间）。

networkx 相当不错。

igraph 引自他们的页面：igraph 是一个免费软件包，用于创建和操作无向图和有向图。它包括对最小生成树和网络流等经典图论问题的实现，还实现了一些最近的网络分析方法的算法，如社区结构搜索。

我一直在使用它们。这真的取决于你到底需要什么。如果您需要它们来完成依赖项等简单的事情，那么您将使用哪个并不重要，但是，如果您需要它来做更短更轻的事情，我建议您避免使用 graph-tool。

【讨论】：

谢谢。我认为networkx会绰绰有余！我真的只需要像 Graph.add_edge(A,B) 等那样做。networkx 将为我创建图表。一个问题。我一直在玩它。但是我怎样才能得到依赖列表呢？创建图表后，我会要求 networkx 给我 A:B:C:, H:

恕我直言 igraph 不是用于生物学研究。它适用于任何类型的网络。

感谢@GaborCsardi 的批评。我编辑了我的帖子。 +1 对您的评论进行更正！

@Johny19 我不完全确定，我最近一直在使用很多图形库，但事情在我的脑海中搞混了。搜索文档并找到一些示例并从中学习，对您来说应该不难。

【参考方案2】：

Graphviz 非常适合以自动化方式构建依赖项文档。

还有一个有用的 Python 库，名为 pygraphviz

我使用它来构建依赖关系图，然后以文本形式和自动导出为 PDF 的视觉效果输出。

【参考方案3】：

假设您从上面输入的内容是raw 中的字符串：

import networkx as nx
import re

regex = re.compile(r'^([A-Z]+)::Requires\s+=\s([A-Z"]+)$')

G = nx.DiGraph()
roots = set()
for l in raw.splitlines():
    if len(l):
        target, prereq = regex.match(l).groups()
        if prereq == '""':
            roots.add(target)
        else:
            G.add_edge(prereq, target)

现在打印树：

for s in roots:
    print s
    spacer = s: 0
    for prereq, target in nx.dfs_edges(G, s):
        spacer[target] = spacer[prereq] + 2
        print 'spacer+-t'.format(
                                     spacer=' ' * spacer[prereq],
                                     t=target)
    print ''

打印出来：

A
+-H
+-B
  +-C

AA
+-BB
  +-CC

这要求所有根都通过root::Requires = "" 呈现，以便它们被识别出来。