如何将“读者友好”的 sessionInfo() 写入文本文件

Posted 2023-02-16

【中文标题】如何将“读者友好”的 sessionInfo() 写入文本文件

【英文标题】：How to write a "reader-friendly" sessionInfo() to text file

【发布时间】：2014-03-24 21:43:23

【问题描述】：

我想将“sessionInfo()”的输出保存到一个文本文件中。使用“write()”失败，因为“list() 不能由 'cat()' 处理”。然后我用 ascii = T 尝试了“save()”，但生成的文件并没有真正的帮助。

我想在文本文件中输出like this。有什么简单直接的方法吗？

【问题讨论】：

我正在寻找一个可以包含在 R 降价文件 (Rmd) 中并且可以很好地打印到 PDF/html 的选项。通过我的方法，我最终为相关的SO question 提供了答案。

【参考方案1】：

将屏幕输出捕获为字符向量并使用writeLines。

writeLines(capture.output(sessionInfo()), "sessionInfo.txt")

【讨论】：

是的！谢谢——我现在没有 capture.output() 函数。

【参考方案2】：

‘sink’ diverts R output to a connection.

sink("sessionInfo.txt")
sessionInfo()
sink()

sessionInfo.txt：

R version 3.0.2 (2013-09-25)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.0.2 tools_3.0.2 

【讨论】：

谢谢！效果也很好。

【参考方案3】：

您可能希望使用 devtools 包中的 session_info()。在这种情况下，您可以使用sink()，如此处的答案之一所述，或者您可以使用以下内容来设置标题并使其更加不言自明（因为print(session_info()) 使用message() 来显示标题）：

library("devtools")
library("knitr")

my_session_info <- devtools::session_info()

writeLines(text = 
    paste(sep = "\n", collapse = "",
          paste0(rep("-", 80), collapse = ""),
          paste(paste0(rep("-", 32), collapse = ""),
                "R environment",
                paste0(rep("-", 33), collapse = "")),
          paste0(rep("-", 80), collapse = ""),
          paste(knitr::kable(data.frame(setting = names(my_session_info$platform),
                                  value = as.character(my_session_info$platform))), collapse = "\n"),
          paste0(rep("-", 80), collapse = ""),
          paste(paste0(rep("-", 35), collapse = ""),
                "packages",
                paste0(rep("-", 35), collapse = "")),
          paste0(rep("-", 80), collapse = ""),
          paste(knitr::kable(my_session_info$packages), collapse = "\n")
          )
, con = "session_info.txt")

[ p.s 记得library(devtools) ]

【讨论】：

+1 表示devtools::session_info。它更容易阅读，因为它是按字母顺序排列的。它还有一些不错的附加功能，例如从 github 或 bitbucket 安装的包的提交哈希。

【参考方案4】：

如前所述，您可以使用devtools::session_info() 来获取更易于处理的对象。然后我使用yaml::write_yaml()（或者jsonlite::write_json()）将对象写入机器可读和人类可读的版本。例如：

library(magrittr)
library(devtools)
library(yaml)

session_info() %>%
    write_yaml("./path/to/file.yaml")

【参考方案5】：

好像我们不需要 writeLines()，因为我们可以直接指定输出文件到 capture.output() 函数。

sessionInfo() %>% capture.output(file="session_info.txt")